Monia erilaisia lääkkeitä voidaan käyttää migreenipäänsäryn hoitoon. Triptaaneja pidetään tyypillisesti tehokkaimpana lääkkeenä, ja niitä voidaan käyttää migreenin keskeyttämiseen nopeasti useimmille ihmisille. Myös reseptilääkkeitä, kuten asetaminofeeniä ja aspiriinia, käytetään usein migreenin hoitoon ja ne voivat olla erittäin tehokkaita. Kun nämä yleisimmät hoidot eivät toimi, käytetään joskus vähemmän tehokkaita tai riskialttiimpia vaihtoehtoja, kuten ergotteja ja opiaatteja. Lopuksi joidenkin lääkkeiden, kuten masennuslääkkeiden, on osoitettu olevan tehokkaita ehkäisemään migreenipäänsärkyä.
Yksi yleisimmistä migreenipäänsärkylääkkeistä, joita käytetään jo esiintyvien päänsärkyjen hoitoon, ovat triptaanit. Pohjimmiltaan nämä lääkkeet sitoutuvat aivojen kemikaaleihin ja estävät niitä toteuttamasta onnistuneesti toimenpiteitä, jotka johtavat migreenipäänsärkykipuun. Eräs erityinen triptaanityyppi on sumatriptaani, jota kutsutaan myös nimellä Imigran ™ tai Imitrex ™ ja joka on saatavana reseptilääkkeenä ja ilman reseptiä saatavana lääkkeenä laillisesta lainkäyttöalueesta riippuen. Tällä lääkkeellä on yleensä sivuvaikutuksia, kuten tiheä virtsaaminen, hikoilu ja jano. Yleensä triptaanien uskotaan yleensä aiheuttavan kohtuullisia sivuvaikutuksia ja suuret mahdollisuudet hoitaa migreenipäänsärky.
Ennen kuin triptaaneista tuli suosittuja, yleisimmät reseptilääkkeet migreenipäänsärkyyn olivat ergotteja, kuten dihydroergotamiini. Vaikka näitä lääkkeitä ei pidetä yhtä tehokkaina kuin triptaaneja, näillä on edelleen käyttöä migreenin torjunnassa. Nämä lääkkeet ovat myös halvempia kuin triptaanit, ja ne voivat joissain tapauksissa olla toimiva vaihtoehto.
Joitakin erityyppisiä yleisiä reseptivapaita kipulääkkeitä käytetään usein migreenipäänsärkylääkkeinä. Esimerkiksi asetaminofeenin tai Tylenol ™: n sekä ibuprofeenin ja aspiriinin on osoitettu taistelevan tehokkaasti joidenkin ihmisten migreenipäänsäryn kipua vastaan. Jotkut näistä lääkkeistä ovat osoittautuneet tehokkaammiksi, kun niitä käytetään yhdessä kofeiinin kanssa.
Muutamia migreenipäänsärkylääkkeitä ei käytetä ensimmäisenä vaihtoehtona, mutta niitä käytetään joskus eri syistä. Esimerkiksi opiaatteja ja barbituraatteja käytetään joskus yksinään tai yhdessä muiden lääkkeiden kanssa. Tällaisia lääkkeitä käytetään yleensä vain silloin, kun muut vaihtoehdot ovat epäonnistuneet tai niitä ei jostain syystä voida käyttää. Tämä johtuu siitä, että nämä lääkkeet voivat aiheuttaa riippuvuutta ja niillä voi olla pahempia vieroitusoireita kuin muilla vaihtoehdoilla.
Joidenkin lääkkeiden on osoitettu poistavan migreenipäänsärkyä tai vähentävän niiden esiintymistiheyttä. Esimerkiksi joidenkin masennuslääkkeiden tietyillä annoksilla on havaittu onnistuneen tämän muuttamalla aivojen kemikaalien tasapainoa siten, että migreeni ei ole altis esiintymään. Lääkkeiden, joita käytetään tyypillisesti sydän- ja verisuonitautien, kuten korkean verenpaineen, hoitamiseen, on myös osoitettu auttavan ehkäisemään migreeniä, mutta miksi ne toimivat, ei ole täysin ymmärretty.