Peniksen haavaumalle on useita mahdollisia syitä, joista jokaisella on omat hoitovaihtoehtonsa. Yleensä ihokudoksen haavaumia hoidetaan antibioottien, tulehduskipulääkkeiden ja kipulääkkeiden yhdistelmällä. Haavautuneet alueet on pidettävä kosteina oikean paranemisen edistämiseksi. Tehokkaan pitkäaikaisen helpotuksen takaamiseksi haavaumien perimmäinen syy on käsiteltävä erityisesti; jos haavauma johtuu esimerkiksi kupasta, potilaalle on annettava lihakseen annoksia penisilliini-G: tä. Sama hoitoperiaate noudattaa muitakin peniksen haavaumien syitä, mukaan lukien syöpä, chancroid ja herpes.
Potilaan on ehdottomasti pidettävä peniksen haavauma vapaa infektioista, koska se voi johtaa vakaviin terveysongelmiin. Lääketieteen ammattilaiset suosittelevat usein paikallisten antibioottien käyttöä potentiaalisesti haitallisten mikro -organismien estämiseksi, ellei potilaalla ilmene haittavaikutuksia lääkkeeseen. Joissakin tapauksissa antibioottien käyttö voi edistää haavaumia, joten ennen hoitoa suoritettava testaus on tärkeä näkökohta. Jos antibiootteja ei voida käyttää, paikalliset antiseptiset aineet ovat mahdollinen, vaikkakin epämukavampi vaihtoehto.
Haavauma voi aiheuttaa turvotusta, mikä lisää potilaan epämukavuutta ja vaikeuttaa hoitoa. Lääketieteen ammattilaiset suosittelevat suun kautta tai paikallisesti käytettäviä antihistamiineja tulehduksen hallitsemiseksi. Jos hoito ei pysty tehokkaasti vähentämään turvotusta, potilaat voivat halutessaan kokeilla tehokkaampia kortikosteroideja ongelman korjaamiseksi. Sekä antibiootteja että tulehduskipulääkkeitä voidaan käyttää yhdessä kipulääkkeiden kanssa vähentääkseen epämukavuutta potilailla, joilla on haavaumia.
Näiden yleisten hoitojen lisäksi potilaat on testattava ja hoidettava kaikista sairauksista, jotka ovat saattaneet vaikuttaa peniksen haavaumien muodostumiseen. Peniksen haavauma voi muodostua useiden sukupuoliteitse tarttuvien sairauksien seurauksena, minkä vuoksi potilaan on välttämätöntä puuttua juuri-infektioon. Herpes voidaan hoitaa viruslääkkeillä, kuten asykloviirilla ja pentsikloviirilla, mikä vähentää merkittävästi haavauman kehittymisen todennäköisyyttä. Chancroid -infektiot voidaan sen sijaan poistaa antibioottilääkkeillä, kuten atsitromysiinillä ja erytromysiinillä.
Peniksen syöpä voi myös aiheuttaa haavaumia. Sukupuolielinten alueelle muodostuneet kasvaimet voivat haavautua, ja ympäröivä iho usein kovettuu. Tällaisia tapauksia varten on saatavana useita hoitovaihtoehtoja, mukaan lukien kemoterapia, sädehoito ja kasvainten kirurginen poisto. Onnistumisprosentit vaihtelevat potilaskohtaisesti, minkä vuoksi lääkäreiden on vaikea taata pitkäaikaista helpotusta. Hoito tekee syövästä kuitenkin hallittavamman ja yleensä vähentää haavaumien kehittymisnopeutta.