Maksakystan hoito riippuu tyypillisesti kysta -tyypistä, missä se sijaitsee, ja aiheuttaako se ongelmia potilaan terveydelle. Jos maksakysta on hyvänlaatuinen eikä sillä ole havaittavaa vaikutusta potilaan terveyteen, hoito ei välttämättä ole lainkaan tarpeen. Muissa tapauksissa terveysvaikutukset tai koko voivat kuitenkin vaatia hoitoa, ja lääkärit voivat käyttää hoitona antibiootteja, viemäröintiä tai leikkausta. Joissakin tapauksissa lääkärit voivat jopa hoitaa maksakystää hoitamalla sen aiheuttaneen taustan.
Yksi tapa hoitaa maksakystää on antibioottien käyttö. Jos kysta on kehittynyt bakteeri -infektion takia, sopivan antibiootin käyttö tietyntyyppiselle bakteeri -infektiolle voi osoittautua hyödylliseksi. Aika, jonka potilaan on otettava antibiootti maksakystan hoitoon, riippuu yleensä infektion tyypistä ja sen vakavuudesta. Joissakin tapauksissa henkilön on ehkä otettava antibiootteja kuukauden tai enemmän. Toisissa tapauksissa useiden päivien antibioottien käyttö voi kuitenkin riittää.
Viemäröintiä käytetään joskus myös yksinkertaisten nesteellä täytettyjen kystien hoitoon. Lääkärit voivat esimerkiksi käyttää kuivatusta keuhkon aiheuttaman paineen lievittämiseen. Viemäröinti ei kuitenkaan ole aina paras vaihtoehto tämän tyyppisten kystojen hoitoon, koska se ei ehkä paranna sairautta, joka aiheutti sen kehittymisen. Sen sijaan potilas voi kehittää uusia maksakystia ajan myötä.
Leikkaus on toinen mahdollinen hoito maksakystille. Sitä käytetään useimmiten silloin, kun kystat ovat erittäin suuria, aiheuttavat liikaa painetta tai edistävät muita terveysongelmia. Sitä voidaan käyttää myös silloin, kun kystat eivät ole vastanneet hyvin muihin hoitomuotoihin. Mielenkiintoista on, että kaikkia maksakystia ei hoideta avoimella leikkauksella; jotkut hoidetaan laparoskooppisella leikkauksella, johon liittyy vain pieni viilto, jonka kautta kysta poistetaan. Käytetyn leikkauksen tyyppi riippuu tyypillisesti siitä, kuinka suuri kysta on ja mistä maksan osasta se sijaitsee.
Joskus maksakystan hoitoon kuuluu hoitaa siihen liittyvä sairaus, joka on edistänyt sen kehittymistä. Esimerkiksi lääkärit voivat määrätä lääkkeitä taustalla olevaan tilaan, ja tämä hoito voi auttaa myös kystan hoidossa. Joskus maksakystien hoito voi kuitenkin olla yhtä yksinkertaista kuin ruokavalion muuttaminen.