Mikrodermabraasin yleisimmät sivuvaikutukset voivat olla lievä ihoärsytys, aknen lisääntyminen ja ihon värimuutokset. Ihmiset, joilla on herkkä iho, ovat yleensä alttiimpia mikrodermabrasion sivuvaikutuksille kuin ihmiset, joilla ei ole herkkää ihoa. Ihon värimuutoksen sivuvaikutus näyttää myös olevan voimakkaampi ihmisillä, joilla on luonnollisesti tummempi iho. Ihmisillä, joilla on mikrodermabrasio aknen oireiden ja aknen arpeutumisen helpottamiseksi, voi myös esiintyä tavallista enemmän repeämiä muutaman viikon ajan toimenpiteen jälkeen. Suurin osa mikrodermabrasion sivuvaikutuksista on väliaikaisia ja lievittää itseään, kun iho on ehtinyt parantua.
On luultavasti hyvin vähän ihmisiä, jotka eivät koe ihoärsytystä mikrodermabrasion jälkeen. Kun mikrodermabrasio suoritetaan, koko ihon yläkerros poistetaan. Tämä aiheuttaa yleensä ihoärsytystä, jonka monet ihmiset kokevat samanlaiseksi kuin auringonpolttama. Ihon punoitus, kutina ja hilseily tai kuorinta ovat mikrodermabrasion sivuvaikutuksia, joita usein raportoivat ihmiset, jotka ovat juuri saaneet toimenpiteen. Kun iho on parantunut, nämä haittavaikutukset häviävät yleensä.
Monilla ihmisillä on tehty mikrodermabrasio aknen hoitoon. Tästä syystä voi tulla yllätyksenä näille ihmisille, kun akne yleensä pahenee heti mikrodermabrasio -toimenpiteen jälkeen. Vaikka mikrodermabrasio voi usein auttaa suuresti sekä aknea että aknen arpeutumista, akne yleensä pahenee heti toimenpiteen jälkeen ihon trauman vuoksi ja koska mikrodermabrasio auttaa poistamaan huokoset. Kun huokoset tukkeutuvat mikrodermabrasiosta, bakteereja vapautuu normaalisti huokosista, ja nämä bakteerit voivat viipyä ihon pinnalla, mikä lisää tilapäisesti aknen pisteiden muodostumisen todennäköisyyttä. Useimmat ihmiset ilmoittavat, että tämä mikrodermabrasion sivuvaikutus häviää muutaman viikon kuluessa toimenpiteen päättymisestä.
Ihon värimuutokset voivat olla ongelmallisimpia mikrodermabraasin kaikista sivuvaikutuksista. Ihmiset, joilla on vaaleampi iho, eivät yleensä kokene tätä ongelmaa suuressa määrin, mutta tummemman ihon ihmiset usein. Mikrodermabrasion jälkeen henkilö, jolla on tumma iho, saattaa huomata, että hänellä on vaaleita laikkuja, joita ei ollut aiemmin. Tämä värinmuutos ei useinkaan ole pysyvää, mutta se voi jatkua melko pitkään ennen kuin ihon sävy palautuu normaaliksi. Monet ihmiset pystyvät käsittelemään tätä sivuvaikutusta käyttämällä meikkivoidetta ihollaan, jotta se saisi tasaisemman värin.