Useimmat potilaat, jotka käyttävät beetasitosterolia, eivät saa haittavaikutuksia. Toiset voivat kokea lieviä sivuvaikutuksia, jotka yleensä rajoittuvat ruoansulatuskanavan epämukavuuteen. Potilailla, joilla on tiettyjä sairauksia, voi kuitenkin esiintyä vakavia sivuvaikutuksia, jotka voivat johtaa tai pahentaa sydänsairauksia. Kuten kaikki lääkkeet, allerginen reaktio on yksi beta -sitosterolin mahdollisista sivuvaikutuksista ja vaatii nopeaa lääkärin hoitoa.
Yleisimmät sivuvaikutukset vaikuttavat potilaan ruoansulatuskanavaan ja esiintyvät yleensä vain potilailla, jotka käyttävät enemmän beetasitosterolia kuin lääkärit suosittelevat. Näitä vaikutuksia voivat olla kouristukset, ruoansulatushäiriöt, liiallinen kaasu ja pahoinvointi. Potilaat voivat myös kokea joko ummetusta tai ripulia tämän lisäaineen käytön seurauksena. Oksentelua ei yleensä havaita beetasitosterolin käytön yhteydessä, vaikka potilaat, jotka ovat alttiita oksentamiselle, voivat tehdä niin pahoinvoinnin alkaessa. Suurimmaksi osaksi potilaat, jotka kokevat nämä mahdolliset haittavaikutukset, eivät ole vakavasti huolestuneita heistä ja jatkavat lisäravinteiden ottamista määrätyllä tavalla.
Miehet voivat myös kokea beetasitosterolin seksuaalisia sivuvaikutuksia. Tämän lisäaineen tiedetään vähentävän sukupuoliviettiä ja aiheuttavan erektiohäiriöitä. Nämä oireet häviävät, kun potilas lopettaa beetasitosterolin käytön, eivätkä yleensä aiheuta huolta, varsinkin jos potilas käyttää tätä lisäainetta vain lyhyen ajan.
Beetasitosteroli voi myös heikentää potilaan kykyä imeä sekä E -vitamiinia että karoteeneja. Nämä beetasitosterolin sivuvaikutukset voivat aiheuttaa neurologisia ongelmia tai pitkäaikaisia terveysongelmia. Molemmat mahdolliset vaikutukset johtuvat vitamiinin puutteesta pikemminkin kuin beetasitosterolin itsestään, ja ne voidaan korjata ottamalla täydentävää E- ja A -vitamiinia. Potilaat voivat myös syödä näitä vitamiineja sisältäviä elintarvikkeita puutteiden estämiseksi.
Beeta -sitosterolin sivuvaikutuksina voi harvoin esiintyä vakavia allergisia reaktioita. Allergisen reaktion oireita ovat ihottuma tai nokkosihottuma, kasvojen tai suun turvotus, hengitysvaikeudet ja sydämen sykkeen tai verenpaineen muutos. Potilaiden, joilla on näitä oireita, on mentävä välittömästi lääkäriin, jotta allerginen reaktio voidaan hoitaa.
Sitosterolemiaa sairastavilla potilailla on myös mahdollista kokea beetasitosterolin haittavaikutuksia. Näillä potilailla beetasitosteroli voi johtaa sydänsairauksiin tai pahentaa jo olemassa olevaa sydänsairautta. Tämä johtuu siitä, että sitosterolemiaa sairastavien potilaiden elimistössä on jo liikaa beetasitosterolia, mikä voi tukkia valtimot ja vahingoittaa sydäntä.