Antibioottien käyttöön liittyy useita riskejä, jotka on punnittava, kun harkitaan antibioottien käyttöä koskevaa päätöstä. Historiallisesti antibioottien liiallinen määrääminen oli merkittävä ongelma, osittain potilaiden paineen vuoksi, ja lääkärit harkitsevat parhaillaan tapaa, jolla nämä lääkkeet määrätään ja käytetään. Potilaat, jotka kouluttavat itsensä antibioottien ottamisen riskeistä, voivat tehdä tietoisempia valintoja käyttämistään lääkkeistä.
Yksi suurimmista riskeistä on yhteisön riski, lisääntynyt antibioottiresistenssi. Mitä useammin antibiootteja määrätään, sitä todennäköisemmin organismille kehittyy vastustuskyky. Ihmiset, joilla on heikentynyt immuunijärjestelmä, ovat vakavassa vaarassa, jos he tarttuvat lääkkeille vastustuskykyisillä organismeilla, ja muuten terveet ihmiset voivat kuolla tai kokea vakavia lääketieteellisiä komplikaatioita resistentin infektion kanssa. Koko yhteisön hyväksi monet lääketieteelliset viranomaiset suosittelevat antibioottien käytön rajoittamista.
Yksilöillä toinen antibioottien käytön riskeistä on se, että näitä lääkkeitä määrätään usein sairauksiin, joita he eivät voi hoitaa. Korvatulehdukset, yskä ja vilustuminen johtuvat usein viruksista, eivät bakteereista. Nämä olosuhteet häviävät itsestään ilman lääketieteellistä hoitoa. Antibioottien määrääminen näissä tapauksissa ei ole välttämätöntä ja altistaa potilaat antibioottien sivuvaikutusten riskeille.
Antibioottien sivuvaikutuksia ovat vakavat allergiset reaktiot, ripuli, pahoinvointi, oksentelu ja ihottumat. Antibiootit tappavat hyvät bakteerit yhdessä pahojen kanssa ja häiritsevät suolistoflooran tasapainoa ja aiheuttavat ruoansulatuskanavan häiriöitä. Muita antibioottien käytön riskejä ovat haitalliset lääkkeiden yhteisvaikutukset. Antibiootit voivat reagoida useiden lääkkeiden kanssa hormonaalisesta ehkäisystä veren ohennukseen aiheuttaen mahdollisesti vakavia lääketieteellisiä komplikaatioita.
Antibioottien käytön riskejä ovat alttius opportunistisille infektioille antibiootteja käyttävillä ihmisillä ja heikentynyt immuunivaste ihmisillä, jotka ovat käyttäneet näitä lääkkeitä voimakkaasti elämänsä aikana. Jotkut ihmisen immuunikatovirusta (HIV) koskevat tutkimukset viittaavat siihen, että heikentyneellä immuunijärjestelmällä olevilla ihmisillä on suurempi riski saada HIV-tartunta ja että heillä on todennäköisemmin suuri viruskuorma, joka etenee täydelliseen hankittuun immuunipuutosoireyhtymään ( AIDS).
Kun antibiootteja määrätään, on suositeltavaa kysyä lääkäriltä, miksi lääkkeitä määrätään, miten niitä tulisi käyttää ja onko vaihtoehtoisia hoitoja saatavilla. Potilaat saattavat haluta kysyä, paraneeko infektio itsestään ilman antibioottikuuria. Heidän tulisi myös kysyä, miten jääneet lääkkeet voidaan hävittää vastuullisesti.