Homeopaattisten lääkkeiden käytöllä on sekä etuja että haittoja, jotka vaihtelevat sairauden luonteen ja hoitomenetelmän mukaan. Homeopaattisten lääkkeiden tärkeimpiä etuja ovat luonnolliset ainesosat, rajoitetut sivuvaikutukset ja kyky käyttää niitä yhdessä muiden lääkkeiden kanssa. Homeopaattisten lääkkeiden haittoja ovat mahdollinen tehottomuus, mahdollisesti haitalliset vaikutukset ja alajärjestöjen tiukan sääntelyn puute.
Monet ihmiset haluavat jatkaa hoitoa homeopaattisten lääkkeiden kautta, koska ne koostuvat luonnollisista ainesosista. Yrttien, mausteiden ja vitamiinien käyttöä luonnollisista lähteistä pidetään yleensä erittäin turvallisina keholle. Nämä korjaustoimenpiteet ovat saatavilla raskaana oleville naisille ja lapsille, kun perinteinen lääketiede saattaa olla vaarallista. Luonnollisesta lähteestään johtuen useimmilla homeopaattisilla lääkkeillä on myös vähemmän sivuvaikutuksia kuin tavanomaisilla lääkkeillä. Homeopaattiseen tai luonnonlääkkeeseen liittyvät sivuvaikutukset eivät yleensä ole yhtä vakavia tai voimakkaita kuin synteettisiin lääkkeisiin liittyvät haittavaikutukset.
Lievemmät sivuvaikutukset ja luonnollisten ainesosien käyttö tarkoittaa, että homeopaattisia lääkkeitä voidaan yleensä käyttää tavanomaisten lääkkeiden kanssa ilman ylimääräisiä haittavaikutuksia. Vaikka synteettiset huumeet voivat usein vaikuttaa toisiinsa kehossa, homeopaattiset lääkkeet toimivat sopusoinnussa edistääkseen immuunijärjestelmän yleistä terveyttä. Jotkut ihmiset haluavat myös jatkaa samanaikaisesti sekä homeopaattista että tavanomaista hoitoa maksimoidakseen molempien vaihtoehtojen hyödyt.
Mahdollinen tehottomuus ja haitalliset sivuvaikutukset ovat kaksi pääasiallista homeopaattisen lääkkeen haittaa. Luonnolliset korjaustoimenpiteet eivät aina toimi, mikä voi olla ongelma henkilöille, jotka ovat valinneet homeopaattiset hoidot perinteisten lääkkeiden sijaan, jotka ovat osoittautuneet tehokkaiksi. Koska homeopaattisia lääkkeitä on laajemmin saatavilla, jotkut ihmiset yrittävät itsehoitoa kuulematta ensin terveydenhuollon ammattilaista. Tämä voi johtaa haitallisiin sivuvaikutuksiin, jos hoitoa käytetään väärin.
Ehkä suurin homeopaattisen lääkityksen haitta on tiukan sääntelyn puute. Laboratoriossa valmistetut lääkkeet on testattava tarkasti ennen niiden hyväksymistä ja julkistamista, mutta useimpia homeopaattisia lääkkeitä ei testata tai arvioida kliinisissä tutkimuksissa. Esimerkiksi Yhdysvalloissa elintarvike- ja lääkeviraston (FDA) hyväksyntä näille luonnollisille hoidoille edellyttää vain valmistajan lausuntoa, joka on toimitettu 90 päivää ennen täydennyksen julkistamista yleisölle todisteena siitä, että täydennys on turvallinen todisteeksi turvallisia valmistusprosesseja, mikä tarkoittaa, että epäpuhtauksia ei lisätä eikä lisäravinteita säilytetä vaarallisella tavalla. Tämän vuoksi kuluttajien on vaikea saada tietoa siitä, ovatko hoidot turvallisia ja sisältävätkö ne edes pullossa lueteltuja ainesosia. Monet toimittajat ovat rehellisiä hoitojensa turvallisuudesta, mutta kuluttajat eivät aina pysty selvittämään, mitkä yritykset ovat arvostetuimpia, mikä voi tehdä oikean homeopaattisen lisäaineen valinnan vaikeaksi.