Malariaa hoidetaan lääkeryhmällä, joka tunnetaan yllättäen malarialääkkeinä. Malarialääkkeet on suunniteltu hyökkäämään tauteja aiheuttavia loisia vastaan, estäen niiden leviämistä ja tappamalla ne samalla, jotta ne eivät voi jatkaa infektion aiheuttamista. Hoidon onnistuminen vaihtelee sen mukaan, mikä malariakanta potilaalla on, ovatko loiset lääkeresistenttejä vai eivät ja kykeneekö potilas suorittamaan tarvittavat lääkkeet.
Tämä hyttysten välittämä infektio on vaivannut ihmisiä vuosisatojen ajan, kunnes kiniinin löytäminen antoi lääkäreille mahdollisuuden hoitaa taudista kärsiviä potilaita. Kuitenkin kiniiniresistentit kannat kehittyivät nopeasti, pakottaen tutkijat työskentelemään uusien lääkeryhmien kanssa malarian hoitoon. Tämä taistelu tutkijoiden ja loisten välillä jatkuu tähän päivään asti, ja lääkeyhtiöt tutkivat jatkuvasti uusia hoitoja.
Jos potilaalla on ns. Mutkaton malaria, häntä voidaan hoitaa avohoidossa, mieluiten 24 tunnin kuluessa oireiden ilmaantumisesta. Potilaan veri testataan infektion aiheuttavan kannan määrittämiseksi, ja sitten määrätään sopiva suun kautta otettava lääke. Lääketieteen ammattilaisten on otettava huomioon potilaan sairaushistoria yhdessä muiden lääkkeiden kanssa, joita potilas saattaa käyttää, ennen kuin he päättävät, mitä malarialääkettä käytetään.
Vaikeaa malariaa sairastavien potilaiden tapauksessa tarvitaan sairaalahoitoa ja lääkkeet annetaan laskimoon tai peräpuikon kautta. Joitakin lääkkeitä, joita käytetään tämän taudin muodon hoitoon, ovat yhdistelmät sulfadoksiini/pyrimetamiini ja atovakoni/proguaniili sekä meflokiinihydrokloridi, kiniinisulfaatti, klorokiini, doksisykliini, primakiini ja artemisiinijohdannaiset. Näiden lääkehoitojen kustannukset vaihtelevat, ja tämä on toinen huomio hoidossa, koska potilaiden on tärkeää lopettaa koko lääkitysjakso; muutoin he voivat kehittää lääkeresistentin malarian.
Paras tapa hoitaa malariaa tietysti on estää se. Ennaltaehkäiseviä lääkkeitä suositellaan voimakkaasti ihmisille, jotka asuvat tai matkustavat alueilla, joilla tauti on endeeminen, mutta valitettavasti monilla kehitysmaiden ihmisillä ei ole varaa ennaltaehkäiseviin lääkekursseihin. Jotkut hyväntekeväisyysjärjestöt tarjoavat tällaisia lääkkeitä ilmaiseksi kehitysmaiden yhteisöille, mutta on vaikea saada kattavuutta esimerkiksi Saharan eteläpuolisen Afrikan ja Kaakkois-Aasian alueilla. Malarian riskiä voidaan myös vähentää käyttämällä hyttysverkkoa peittämään sängyt, seulomaan ikkunat ja käyttämällä hyönteiskarkotetta pitämään hyttyset ja muut hyönteiset poissa.