On vaikea antaa tarkkaa vastausta kysymykseen siitä, onko siprofloksasiini turvallinen lapsille. Toisaalta lääkärit määräävät sen lapsille, kun he pitävät sitä tarpeellisena, ja suurin osa lapsista, jotka ottavat sen, tekevät niin kokematta mitään vakavia sivuvaikutuksia. Lääkkeeseen liittyy kuitenkin joukko haittavaikutuksia, joita useimmat lääkärit haluavat välttää nuorilla potilaillaan. Sellaisenaan lääkettä pidetään yleensä hyväksyttävänä vakavien bakteeri -infektioiden hoitoon, mutta se ei ole riittävän turvallinen, jotta sen käyttö rutiiniksi lapsen yleisille bakteeri -infektioille. Kun on olemassa toinen lääke, jolla on vähemmän riskejä ja jota pidetään tehokkaana, lääkärit valitsevat todennäköisemmin vaihtoehdon ja säästävät siprofloksasiinia silloin, kun vaihtoehdot eivät todennäköisesti toimi.
Lääkärit ovat yleensä varovaisia määrätessään siprofloksasiinia lapsille, koska lääkkeeseen liittyy useita vakavia sivuvaikutuksia, joista osa voi olla suurempi riski lapsille kuin aikuisille. Lääkärit yleensä varaavat sen käyttöön tilanteissa, joissa hyödyt ovat paljon suuremmat kuin sen käytön riskit, tai kun ei ole muita lääkkeitä, jotka todennäköisesti osoittautuvat tehokkaiksi bakteereja vastaan. Esimerkiksi lääkäri voi määrätä sen todennäköisemmin, kun lapsella on mahdollisesti hengenvaarallinen infektio kuin silloin, kun hänellä on peruskorvatulehdus.
Sivuvaikutuksia, jotka saavat lääkärit varovaiseksi siprofloksasiinin käytöstä lapsille, ovat esimerkiksi verisolujen muutokset; näköhäiriöt; ja häiriöt, jotka vaikuttavat elintärkeisiin elimiin, mukaan lukien maksa tai munuaiset. Myös sydämen sykkeen muutokset, verenpaineen lasku, huimaus ja pyörtyminen sekä valoherkkyys voivat johtua tämän lääkkeen käytöstä. Jopa sellaisia ongelmia kuin vapinaa, hallusinaatioita ja psykoottisia jaksoja on raportoitu. Nämä vakavat haittavaikutukset ovat suhteellisen harvinaisia, mutta ne ovat tarpeeksi huolestuttavia, jotta he voivat pitää yhden tauon harkittaessa siprofloksasiinin määräämistä lapsille.
Kaikki siprofloksasiinin sivuvaikutukset eivät ole vakavia. On myös monia suhteellisen vähäisiä sivuvaikutuksia, joita lääkitys voi aiheuttaa lapsille, koska he ovat joskus alttiimpia lääkkeiden vaikutuksille kuin aikuiset. Niihin kuuluvat pahoinvointi, oksentelu ja ripuli sekä päänsärky, ihottuma, ruokahaluttomuus, ahdistus ja väsymys. Joillekin potilaille voi kehittyä jopa nivelkipuja ja sieni -infektioita siprofloksasiinin käytön yhteydessä lapsille. Lääkärit voivat mieluummin määrätä vaihtoehtoisen lääkkeen myös näiden sivuvaikutusten välttämiseksi.