Luonnollista reikäleikkausta, joka tunnetaan myös nimellä Natural Orifice Transluminal Endoscopic Surgery tai NOTES, kutsutaan joskus arpittomaksi leikkaukseksi. Sen sijaan, että tehtäisiin viiltoja kehon ulkopuolelle, pääsy elimeen tai kasvaimeen mahalaukussa tai suolistossa voidaan saada tekemällä viilto kehon luonnollisista aukoista (suu, emätin tai paksusuolen kautta). Luonnollinen reikäleikkaus on vielä kokeiluvaiheessa, mutta on potilaita, joilta on poistettu sappirakon suun kautta.
Joissakin leikkauksissa on järkevää suorittaa leikkaus luonnollisen aukon kautta. Esimerkiksi nielurisatulehduksia tehdään rutiininomaisesti suun kautta. Pääsy polyyppeihin paksusuolessa tapahtuu luonnollisen aukon kautta. Näitä on pidetty pitkään standardina, ja ne ovat ”arpittomia” menettelyjä. Itse asiassa Uusi Euroopan kirurginen akatemia perusti NOS: n tutkimaan kaikkia luonnollisia reikäleikkauksia, perinteisesti tehtyjä ja näitä uusia ja kokeellisia versioita. HUOMAUTUKSET on erilainen, koska se tarkoittaa enimmäkseen uusia versioita, joita ei jo suoritettu luonnollisten aukkojen kautta, ja se on myös erikoistunut leikkauksiin, jotka perinteisesti suoritetaan ruoansulatuskanavan kirurgien toimesta.
Jotkut potilaat voivat olla parempia ehdokkaita luonnollisen aukon leikkaukseen kuin toiset. Tekniikan kannattajat sanovat, että se voi olla erityisen hyödyllinen liikalihavilla potilailla, koska ulkopuolisten viiltojen on yleensä oltava suurempia ylimääräisten tai suurempien rasvasolujen esiintymisen kompensoimiseksi. Elinten poistaminen voi myös olla vaikeaa ihmisillä, joille on asetettu verkko tyrien korjaamiseksi, koska osa verkosta voidaan leikata viilloilla, mikä voi johtaa siihen, että tyrä tulee korjata tulevaisuudessa. Lisäksi tämän menetelmän kannattajat uskovat, että vatsalihaksen leikkaamatta jättäminen nopeuttaa toipumisaikaa useimmille potilaille, koska näiden leikkausten kipu liittyy suurelta osin viiltoihin.
Toiset väittävät, että laparoskooppisten tekniikoiden parantaminen tekee monista luonnollisen aukon leikkauksista enimmäkseen tarpeettomia ja riskialttiimpia kuin pienet viillot, joita tarvitaan moniin laparoskooppisiin toimenpiteisiin. Lääkintäyhteisö on tästä asiasta jakautunut, ja tämän tyyppisiä leikkauksia on tehty enimmäkseen Euroopassa ja Etelä -Amerikassa, vaikka vuonna 2008 naiselle tehtiin onnistunut transvaginaalinen appendektomia. Potilas arvosti hyötyä siitä, ettei vatsalihaksia leikattu liitteen käyttämiseksi, ja sanoi, että hänen arkuus toimenpiteen jälkeen oli minimaalinen.
Vaikka tämä voi muuttua, kokeellisten luonnollisten aukkojen leikkausten asiantuntijoita on vielä vähän, ja koska tätä pidetään kokeellisena menetelmänä, on hyvä tarkistaa vakuutukselta, jos kirurgi ehdottaa sinulle tällaista leikkausta, koska jotkut vakuutusyhtiöt eivät kattaa kaikki kokeellisina pidetyt hoidot. On kirurgeja, jotka eivät täysin tue luonnollista reikäleikkausta tai jotka eivät ole vielä sitoutuneet lausuntoon. Jotkut asiantuntijat haluaisivat, että tämän tyyppiselle leikkaukselle määritettäisiin lisää alueita, ja erityisesti haluaisivat nähdä ongelman sisäisestä haavan paranemisesta ja tämän tekniikan tartuntariskistä paremmin ymmärrettävänä. Koska enemmän näistä leikkauksista tehdään, enemmän tietoja todennäköisesti määrittää niiden hyödyllisyysasteen ja olosuhteet, joissa tällainen leikkaus voi olla muita kirurgisia menetelmiä parempi.