Yleensä juurikanava on turvallinen raskauden aikana. Juurikanava sisältää vaurioituneiden hermojen ja massan poistamisen potilaan hampaasta. Usein röntgenkuvat, joita nainen voi tarvita ennen juurikanavaa, sen aikana tai sen jälkeen, ovat huolenaihe raskauden aikana, mutta ne eivät yleensä aiheuta merkittävää riskiä. Naiset ovat usein huolissaan lääkkeistä, joita käytetään suun tunnottamiseen juurikanavaa varten, mutta ne ovat yleensä myös turvallisia. Lisäksi naisen ei tarvitse huolehtia kasteluun käytetyistä kemikaaleista tai juurikanavan aikana levitetystä hartsista, koska ne eivät yleensä vahingoita kehittyvää sikiötä.
Monet ihmiset ajattelevat, että juurikanava on raskauden aikana vaarallinen ja sitä tulisi välttää aina kun mahdollista. Totuus on kuitenkin, että juurikanava on yleensä turvallinen raskauden aikana. Itse asiassa juurikanava voi auttaa suojaamaan kehittyvän vauvan terveyttä. Tämä johtuu siitä, että epäterveellinen hammas voi tarttua huonosti, jos sitä ei käsitellä. Tämäntyyppinen infektio voi muuttua niin vakavaksi, että se vaikuttaa muuhun kehon osaan, mutta hampaan hoito auttaa poistamaan tämän riskin.
Naisen suurin huolenaihe juurikanavan ottamisesta raskauden aikana voi olla röntgensäteiden tarve. Useimmissa tapauksissa riski kehittyvälle lapselle on kuitenkin minimaalinen. Juurikanavahoidon edellyttämät röntgenkuvat on suunnattu naisen suuhun eikä vatsaan, missä ne voivat vaikuttaa vauvaan. Lisäksi hammaslääkäri tarjoaa todennäköisesti lyijyliivin, jota nainen voi käyttää vatsansa suojaamiseen, jos hän tarvitsee röntgenkuvat raskauden aikana. Silti hammaslääkärit suosittelevat yleensä, että naiset odottavat rutiininomaista röntgenkuvausta vasta synnytyksen jälkeen; vain ne, jotka ovat ehdottoman välttämättömiä juurikanavaan tai muihin hammashoitoihin, suoritetaan yleensä raskauden aikana.
Mitä tulee juurikanavien aikana käytettäviin lääkkeisiin ja kemikaaleihin, useimpia pidetään turvallisina. Lääkkeet, joita käytetään suun tunnottamiseen juurikanavan aikana raskauden aikana, eivät yleensä läpäise istukkaa tai vahingoita kehittyvää sikiötä. Potilaan suun kasteluun käytetty neste voi sisältää natriumhydrokloridia tai vastaavaa kemikaalia, mutta juurikanavaan käytetty määrä on yleensä liian pieni, jotta se vaikuttaisi haitallisesti sikiöön. Samoin juurikanavaprosessin aikana käytetyt hartsit eivät yleensä ole uhka kehittyvän vauvan terveydelle.