Kustannus-hyötyanalyysi terveydenhuollossa on arviointi tiettyyn lääketieteelliseen hoitoon liittyvistä kustannuksista, toisin kuin potilaan tai yhteiskunnan edut. Tämä on osa terveydenhuollon taloustiedettä, tutkimusta taloudellisista tekijöistä, joilla voi olla merkitystä potilaiden, lääkäreiden, vakuutusyhtiöiden ja kansanterveysvirastojen hoitopäätöksissä. Lääketieteellisten päätösten tekeminen tämän tyyppiselle analyysille tekee joistakin potilaista epämukavia, ja se voidaan tasapainottaa näyttöön perustuvalla lääketieteellä ja muilla toimenpiteillä sen määrittämiseksi, pitäisikö hoitoa jatkaa.
Yksi terveydenhuollon kustannus-hyötyanalyysin käyttötarkoitus on, kun käytettävissä on rajalliset resurssit ja hoidon tarjoajat haluavat käyttää niitä tehokkaasti tarjotakseen suurimman hyödyn suurimmalle määrälle. Tämä tulee esiin erityisen selvästi triagessa, jossa hoitajien on tehtävä nopeasti päätöksiä siitä, kuka saa hoitoa ja milloin. Suuren junaonnettomuuden seurauksena ensihoitajat ja muu henkilökunta voivat päättää olla käyttämättä huomattavaa energiaa ja vaivaa vakavan ja todennäköisesti kuolemaan johtavan henkilön pelastamiseksi, jos se tarkoittaa esimerkiksi useiden ihmisten riistämistä hoidosta, joka voisi auttaa heitä selviytymään. Tässä tapauksessa kustannukset voidaan laskea resursseihin ja ihmishenkiin verrattuna yhden hengen pelastamisesta saatavaan marginaaliseen hyötyyn.
Vakuutusyhtiöt käyttävät säännöllisesti terveydenhuollon kustannus-hyötyanalyysiä määrittäessään politiikkoja ja päättäessään hyväksyä korvaukset. Monilla yrityksillä on yleisiä hoitoja koskevia yleisiä käytäntöjä, joko hyväksyä tai kieltää ne. Jos kustannukset ovat kohtuuttoman korkeat ja hyöty on vähäinen tai pieni, yritys voi kieltää hoidon. Muutoksenhaussa se voi analysoida tilannetta tarkemmin. Esimerkiksi syöpäpotilas, joka kuolee, ei ehkä saa hyväksyntää lääkkeelle, joka lisää kahden viikon elinajan, sillä lääke on kallis ja hyöty on minimaalinen.
Sairaalat ja klinikat voivat käyttää terveydenhuollon kustannus-hyötyanalyysiä myös poliittisten päätösten tekemiseen. Velvollisuus hoitaa potilaita, joilla on vakava kuolemanriski, on monilla alueilla, mutta sairaalat voivat olla valikoivia sen suhteen, millaisia hoitoja ne tarjoavat ja kuinka paljon tukea tarjotaan potilaille, joilla ei ole varaa hoitoon. Vaikka sairaalat ja klinikat haluavat edistää terveyttä, he eivät myöskään halua mennä konkurssiin kuluttamalla resursseja ja menettäen siten koko yhteisön palvelut.
Yksittäiset potilaat voivat myös käyttää kustannus-hyötyanalyysiä terveydenhuollossa, ja jotkut voivat pitää sitä hyödyllisenä hoitopäätösten tekemisessä. Lääkäri voi esittää useita hoitovaihtoehtoja ja niiden kustannuksia, ei vain rahallisesti, vaan myös sivuvaikutusten, mahdollisten komplikaatioiden ja riskien suhteen. Potilas voi harkita hyötyjä, kuten sitä, ovatko hoidot parantavia, voisivat pidentää elämää tai voivat tarjota mahdollisuuden selviytyä odottaessaan parempaa hoitoa. Potilaat voivat kieltäytyä kalliista ja vähähyötyisistä hoidoista, jos he kokevat, etteivät kustannukset ole heille sen arvoisia.