Sisäinen organisaatiorakenne on erityinen tapa, jolla organisaatio, kuten yritys, hyväntekeväisyysryhmä tai koulu, on järjestetty tavoitteidensa saavuttamiseksi. Tämä organisaatiorakenne sisältää tehtävien osoittamisen, valvontarakenteen, hierarkian ja muut asiat, jotka vaikuttavat organisaation toimintaan. Se voi vaihdella organisaation luonteen ja tavoitteiden mukaan, ja se voi myös vaihdella vastuussa olevien mieltymysten ja ihanteiden mukaan. Yksi sisäinen organisaatiorakenne voi esimerkiksi perustua tiukkaan hierarkkiseen valvontarakenteeseen, kun taas toinen voi sisältää paljon vähemmän valvontaa. Ensimmäisen tavoitteena on todennäköisesti vakaus ja tehokkuus, kun taas toisessa korostetaan todennäköisesti luovuutta ja joustavuutta.
Useimpien organisaatioiden sisäinen organisaatiorakenne perustuu ensisijaisesti henkilöstön järjestämiseen ja ryhmittelyyn tehtävien suorittamiseksi. Esimerkiksi vahvasti hierarkiselle rakenteelle on ominaista “rivejä”, joissa esimiehet ohjaavat alaistensa toimia yrityksen tavoitteita kohti. Korkeamman asteen henkilöt valvovat ja osoittavat tehtäviä alaisilleen. Tämä rakenne tukee ensisijaista tapaa, jolla tehtävät, jotka lopulta edistävät liiketoiminnan tavoitteita, suoritetaan.
Joillakin organisaatioilla on osastoja, jotka ovat erityisesti sitoutuneet ylläpitämään ja valvomaan sisäistä organisaatiorakennetta tarjoamalla lisävalvontaa työntekijöille ja seuraamalla tehtäviä, jotka eivät liity suoraan yrityksen tavoitteisiin. Esimerkiksi henkilöstöosasto tai palkkahallinto -osasto eivät välttämättä lisää suoraan tehtaan tuottavuutta, mutta ne auttavat pitämään sisäisen organisaatiojärjestelmän moitteettomana. Tällaiset osastot voivat käsitellä tärkeitä logistisia huolenaiheita, jotta ne eivät häiritse niitä, jotka ovat suoraan mukana tietyn yrityksen tuottavuuden ylläpitämisessä tai parantamisessa.
Monet muut sisäisen organisaatiorakenteen muodot kuin hierarkkinen organisaatio ovat osoittautuneet varsin tehokkaiksi erilaisten institutionaalisten tavoitteiden saavuttamiseksi. Esimerkiksi jotkut organisaatiot perustuvat pieniin “tiimeihin”, joilla on huomattava itsenäisyys ja joiden ei tarvitse jatkuvasti raportoida esimiehelleen. Jotkut jopa sallivat suuren henkilökohtaisen itsenäisyyden, vaikka jonkin verran vastuuvelvollisuutta tarvitaan lähes aina. Internet on mahdollistanut ensisijaisesti verkossa olevien organisaatiorakenteiden kehittämisen. Yleensä parhaat organisaatiorakenteet perustuvat ensisijaisesti organisaation tavoitteisiin.