Organisaatiorakenteen vaikutukset voivat ulottua lähes kaikentyyppisiin mitattaviin suorituksiin. Hyvin suunniteltu, helposti sopeutuva rakenne voi auttaa yritystä menestymään monilla aloilla ja luoda keskinäisen tuen ja parantamisen ketjureaktion. Jotkut organisaatiorakenteen tärkeimmistä vaikutuksista näkyvät työntekijöiden moraalissa, sisäisessä viestinnässä, tehokkuudessa ja vaikuttavuudessa.
Työntekijöiden moraali perustuu usein vahvasti vahvaan organisaatiorakenteeseen. Työntekijöillä on taipumus tuntea olevansa motivoituneita ja uskollisia, kun heitä kohdellaan kunnioittavasti, he haastavat työnsä ja heillä on pääsy etenemismahdollisuuksiin. Organisaatiorakenteen vaikutukset työntekijöiden moraaliin voivat olla myös kielteisiä; jos esimerkiksi organisaatio palkitsee säännöllisesti osastojen johtajia korotuksilla ja bonuksilla jäädyttämällä nuorempien työntekijöiden palkat, alemman tason työntekijät voivat nopeasti pettyä työstä. Koska osa organisaatiorakenteesta määrää, miten kannustinohjelmia, kurinalaisuutta ja etenemistä hallitaan, liiketoiminnan järjestämisellä voi olla todellinen osa moraalin tilassa.
Se, kuinka hyvin työntekijät ja yksiköt voivat kommunikoida, on toinen organisaatiorakenteen tärkeimmistä vaikutuksista. Jyrkästi jäsennellyssä, hyvin erillisessä ympäristössä työntekijät eivät välttämättä voi käyttää tehtävän suorittamiseen tarvittavia tietoja tai henkilöstöä. Toisaalta liian löysä organisaatio voi johtaa epämääräiseen komentoketjuun, mikä tarkoittaa, että työntekijät eivät ehkä pysty selvittämään, kenen kanssa heidän on tarkoitus puhua projektista tai huolenaiheesta. Yksiköiden joustavuuden tasapainottaminen selkeän komentoketjun tärkeyden kanssa on tärkeä osa organisaatiorakennetta.
Organisaation tehokkuus viittaa suoritustavoitteiden saavuttamiseen tarvittavan työn määrään. Jos organisaatio on rakennettu tehokkaasti, työstä tulee tuottavaa ja hyödyllistä ilman vähäistä jätettä. Organisaatiorakenteen vaikutukset tehokkuuteen voivat olla valtavat, koska huonosti järjestetty järjestelmä voi hidastaa työtä lähes kaikilla yrityksen aloilla. Yksi esimerkki tehottomuuteen johtavasta organisaatiorakenteesta voi olla työntekijä, joka joutuu käymään läpi seitsemän esimies- ja esimiestasoa saadakseen hyväksynnän tehtävään, ja hänen työnsä voi pysähtyä tuntikausia, ellei päiviä, odottamaan hyväksyntää. Rakenteen mukauttamiseen tehokkuuteen liittyy yleensä komentoketjujen yksinkertaistaminen tai virtaviivaistaminen.
Useimpien organisaatioiden tavoitteena on tehokkuus kaikilla aloilla, mukaan lukien työsuhteet, tehokkuus, myynti ja markkinointi. Organisaatiorakennetta kutsutaan usein yrityksen “luurankoksi”, joka voi joko auttaa tai estää tehokkuuden saavuttamisen. Yksi tavoista, joilla rakenne voi vaikuttaa tehokkuuteen, on rakentaa arviointiprosessi, joka tarkistaa odotukset suhteessa todelliseen suorituskykyyn. Luomalla organisaatiorakenteen, joka voi tarkistaa ja sopeutua, yritys voi jatkuvasti edetä kohti tehokkuustavoitteiden saavuttamista.