Liiketoiminnan etiikan haasteisiin kuuluu yleensä vastuun tasapainottaminen osakkeenomistajille, joilla on sosiaalinen vastuu yhteisölle ja työntekijöille. Päätökset, jotka tasapainottavat yritysten voiton ja työntekijöille maksettavan korvauksen, voivat myös asettaa haasteita liiketoiminnan etiikkaan etenkin talouden taantuman aikana. Muut haasteet voivat liittyä hyväntekeväisyyteen, joka edistää yhteisön taloudellista etua. Näihin haasteisiin saattaa liittyä myös lakien ja asetusten lainmukainen noudattaminen.
Johtajien palkka ja varallisuuden jakaminen saattavat herättää keskustelua liiketoimintaetiikan haasteista. Jotkut kriitikot sanovat, että johtajien monen miljoonan dollarin bonukset ja etupaketit olisi yhdistettävä todellisiin maksuihin yritykselle. Ylemmän tason johdon, osakkeenomistajien ja alemman tason työntekijöiden välinen palkka-arvo saattaa asettaa haasteita liiketoiminnan etiikalle.
Työolot ja ulkoistaminen ovat lisähaasteita, joita yritysten omistajat voivat kohdata. Joissakin yrityksissä johtajat, jotka kasvattavat voittoaan onnistuneesti siirtämällä toimintoja ulkomaille, saatetaan palkita, vaikka se saa ihmiset työttömiksi. Jos työntekijöiden palkkoja ja etuja leikataan, kun johtajat saavat bonuksia säästöjen perusteella, se voidaan luokitella eettiseksi dilemmaksi. Molemmat tilanteet tuovat tyypillisesti haasteita liiketoiminnan etiikkaan.
Etiikka voi sisältää myös yrityksiä palkata työntekijöitä, jotka jakavat yrityksen arvot ympäristön ja asiakkaiden suhteen. Liiketoiminnan etiikan haasteisiin kuuluu työntekijöiden tunnistaminen ja rekrytointi sukupuoleen, ikään tai etniseen taustaan katsomatta. Kun eettisesti toimiva yritys palkataan, se yrittää yleensä jakaa valtaa ja johtajuutta koulutusohjelmien avulla. Koulutus voi sisältää työntekijöille työkalujen antamista eettisten ongelmien ratkaisemiseksi työssä.
Vaatimustenmukaisuuden alalla liiketoiminnan etiikan haasteisiin voi kuulua lakien ja asetusten noudattamisen ylittäminen. Esimerkiksi yritys voi noudattaa ympäristölainsäädäntöä, koska sitä vaaditaan, mutta eettisesti vastuullinen yritys saattaa parantaa ympäristöä, koska se on oikea asia yrityskansalaisena. Tiukkojen eettisten sääntöjen mukaisesti toimiva yritys tekee yleensä yhteisöjä parantavia päätöksiä pelkästään voittojen perusteella.
Muut kysymykset, jotka nousevat eettisiksi huolenaiheiksi, voivat keskittyä eturistiriitoihin ja korruptioon. Uutiset siitä, että jotkut suuret yritykset pettävät sijoittajia korkean profiilin skandaaleissa, ovat usein nostaneet liike-elämän etiikan etusijalle. Muut tapaukset saattavat sisältää poliittisia tukia, joiden tarkoituksena on saada sääntelyviranomaiset keventämään sääntöjen noudattamista.