Pitkän aikavälin kannustinjärjestelmä sisältää yrityksen, joka tarjoaa työntekijöille bonusta erinomaisesta työtehtävästään tai antaa työntekijöille palvelusaikaan perustuvia bonuksia. Pitkän aikavälin suunnitelman mukaan työntekijä voi usein alkaa kerätä suoritusperusteisia palkkioita lyhyellä aikavälillä, mutta hän ei saa näitä ansioita vasta jossakin vaiheessa tulevaisuudessa. Useimpiin pitkän aikavälin palvelusuunnitelmiin kuuluu, että työntekijöiden on odotettava vähintään vuosi ennen bonusten saamista, ja monissa suunnitelmissa työntekijöiden on odotettava vähintään viisi vuotta ennen kuin he saavat palkkion kokonaan.
Pitkän aikavälin kannustinjärjestelmän käyttö estää työntekijöitä toimimasta epäeettisesti lyhyen aikavälin taloudellisten voittojen tavoittelussa. Rahoitusalalla ja myynnissä työskentelevien ihmisten on tuotettava tuloksia johdonmukaisesti useiden vuosien aikana, mikä estää ihmisiä vääristämästä myyntituloksia alkuvuosina, koska tällaiset toimet havaittaisiin kauan ennen kannustimien maksamista. Jotkut yritykset tarjoavat sekä lyhyen että pitkän aikavälin kannustinohjelman, ja jälkimmäinen perustuu ensimmäisen tuloksen tuloksiin, vaikka palkinnot ovat paljon merkittävämpiä pitkän aikavälin suunnitelmassa.
Pitkän aikavälin kannustinjärjestelmän mukaisesti työntekijät saavat yleensä bonuksensa käteisenä, yhtiön osakkeina tai voitto-osuuksina. Rahapalkkiot maksetaan yhdessä työntekijöiden tavanomaisen palkan kanssa suunnitelman päättymispäivänä. Osakekannustimet sisältävät joko sen, että yritys ostaa oman osakkeensa työntekijän puolesta tai yritys tarjoaa työntekijälle mahdollisuuden ostaa osakkeita alle markkinahinnan. Suunnitelmat, joihin liittyy optio -oikeuksia, perustuvat oletukseen, että yhtiön osakkeiden arvo nousee ajan myötä eikä laske. Voitto-osuudet edellyttävät, että työntekijä palkitaan kiinteällä prosenttiosuudella yhtiön voitoista pitkän aikavälin kannustinjärjestelmän voimassaoloaikana.
Pitkän aikavälin kannustinjärjestelmiin osallistuvat työntekijät maksavat usein alhaisempia veroja tällaisista järjestelyistä maksetuista bonuksista kuin lyhytaikaisista järjestelyistä maksetuista bonuksista. Tämä johtuu siitä, että monissa maissa pitkän aikavälin myyntivoittoveroprosentti on alempi kuin lyhytaikaisten kannustimien verokanta. Pitkän aikavälin suunnitelmat on usein varattu korkean tason työntekijöille, ja niiden tarkoituksena on varmistaa, että nämä avainhenkilöt pysyvät uskollisina yritykselle. Tilanteissa, joissa yrityksen tulokset heikkenevät ajan kuluessa, yrityksen työntekijät voivat saada vähäisiä palkkioita pitkän aikavälin kannustinjärjestelmän päätyttyä.