Tyypillinen voittoa tavoittelematon organisaatiorakenne on jaettu kolmeen pääluokkaan. Luokat sisältävät hallinnon, hallinnon ja ohjelmat. Näissä kolmessa ensisijaisessa divisioonassa on myös lukuisia alaluokkia tai alaryhmiä, jotka kuuluvat jokaiseen. Tila, jossa voittoa tavoittelematon järjestö rekisteröi, vaikuttaa myös organisaation kokonaisrakenteeseen.
Voittoa tavoittelemattoman organisaatiorakenteen hallinto on hallitus. Hallitukseen voi kuulua muutamia henkilöitä tai kymmeniä jäseniä. Hallituksen koko riippuu ensisijaisesti voittoa tavoittelemattoman organisaation koosta ja tarpeista. Hallituksen koko riippuu myös tilasta, jossa organisaation pääkonttori sijaitsee. Hallituksen ensisijainen tehtävä on luoda ja valvoa organisaation politiikkoja.
Voittoa tavoittelemattoman yhdistyksen toinen ensisijainen luokka on hallinto. Vaikka johtokunta ei ole palkattua henkilöstöä, vaan yksinkertaisesti asianomaisia osapuolia tai vapaaehtoisia, hallinto on palkattua henkilöstöä. Työntekijöiden tai hallinnon kaksi ensisijaista alaluokkaa ovat toimitusjohtaja tai presidentti ja henkilöstö. Henkilökunta voi tietysti koostua erilaisista työntekijöistä.
Koska voittoa tavoittelemattoman toiminnan lähtökohtana on tietyn tarkoituksen toteuttaminen, voittoa tavoittelemattoman organisaatiorakenteen ohjelma-alue pyrkii luomaan ja toteuttamaan tarkoituksensa täyttäviä ohjelmia. Jos voittoa tavoittelematon järjestö on esimerkiksi historiamuseo, sen tarkoituksena on kronikoida alueensa historia. Ohjelmat voivat sisältää sosiaalisia tapahtumia, työpajoja ja jopa historiallisia kierroksia alueella.
Ensisijaisia ohjelma -alueita ovat suunnittelu, varainhankinta, suhdetoiminta, markkinointi, toiminta, vapaaehtoistyön koordinointi, kehitys ja henkilöresurssit. Jopa näissä ohjelmien alaluokissa on olemassa muita alaluokkia. Markkinointiohjelma voi koostua markkinointijohtajasta, markkinointipäälliköstä ja PR -johtajasta. Varainhankinta -alueella voi olla tietokannan koordinaattori, jäsenjohtaja ja tapahtumasuunnittelija.
Osavaltion lait, joissa voittoa tavoittelematon yhteisö alkoi ja toimii, säätelevät myös voittoa tavoittelematonta organisaatiorakennetta. Esimerkiksi Texasissa voittoa tavoittelemattomalla organisaatiolla on oltava vähintään kolme johtajaa hallituksessa. Valtio vaatii myös yhden henkilön, joka toimii järjestön puheenjohtajana, ja erillisen henkilön on toimittava hallituksen ja järjestön sihteerinä. Osavaltion laki selventää edelleen, että presidentti ja sihteeri eivät saa olla sama henkilö, vaan sen sijaan kaksi erillistä henkilöä.