Jokaisessa talous- tai järjestelmätarkastuksessa noudatetaan neljää eri auditointivaihetta: suunnittelu ja riskinarviointi, sisäisen valvonnan testaus, perusteelliset menettelyt ja viimeistely. Näiden tarkastusvaiheiden tarkoituksena on tarjota vakioprosessi, jota käytetään jokaisessa tarkastuksessa. Useimmissa organisaatioissa tarkastuksen suorittaa sisäinen tarkastusosasto tai ulkoinen tilintarkastus- tai tilitoimisto.
Suunnittelun ja riskinarvioinnin auditointivaiheet suoritetaan tyypillisesti ennen tilikauden loppua ja niitä käytetään tietojen keräämiseen. Tilintarkastaja vie aikaa oppiakseen toimialasta, säännöistä, kirjanpitokäytännöistä ja tietojärjestelmistä. Tässä vaiheessa monet tarkastajat työskentelevät syrjäisellä paikalla, koska suurin osa näistä tiedoista on saatavana riippumattomista lähteistä.
Tarkastuksen tehokasta suunnittelua varten koko laajuus on arvioitava ja dokumentoitava. Normaali taloudellinen tarkastus rajoittuu tapahtumiin, jotka tapahtuivat kuluvalla kaudella, ja se suoritetaan usein yhteenvetotasolla. Tapahtumien lukumäärän ja dollarin arvojen avulla määritetään tarkastusarvojen asettamiseen käytettävä ylä- ja alaraja. Toimiala, sisäisen valvonnan vahvuus ja kaikki johdon esiin tuomat asiat määrittävät tarkastuksen riskinarvioinnin.
Yksi tärkeimmistä kaikista tarkastusvaiheista on sisäisen valvonnan testausprosessi. Näiden prosessien ja menettelyjen avulla varmistetaan, että asianmukaiset hyväksynnät ovat olemassa ennen maksun suorittamista tai tapahtumien kirjaamista järjestelmään. Sisäisen valvonnan ensisijainen menetelmä on valita tapahtumat satunnaisesti ja tarkistaa lähdeasiakirjat. Jos satunnaisvalinta edustavasta otoksesta havaitsee, että kontrollit olivat heikkoja tai puuttuivat, otoksen kokoa on lisättävä.
Aineelliset menettelyt ovat varsinainen prosessi, jolla kerätään fyysisiä todisteita tapahtumista ja tarkistetaan tietylle tilille lähetetyn arvon todelliset asiakirjat. Tämä tarkastuksen osa on aikaa vievin ja erittäin yksityiskohtainen. Tämäntyyppiseen tarkistukseen valittu tili vaihtelee, mutta tyypillisesti se seuraa useita korkean ja matalan dollarin arvoisia toimintoja.
Tarkastuksen viimeinen vaihe on viimeistely. Tämä on raportin luominen johdolle, jossa esitetään yhteenveto kaikista tarkastuksen suorittamiseen käytetyistä menettelyistä, eri prosessien tuloksista ja sitä tukevista asiakirjoista. Tarkastusraporteissa on erilaisia muotoja tai asetteluja yleisöstä riippuen. Useimmat pankit vaativat esimerkiksi tarkastettua tilinpäätöstä yrityslainaa haettaessa. Heillä on usein ensisijainen muoto, mikä tekee vertailusta ja tarkistamisesta yksinkertaisemman prosessin.