Negatiivinen inventaario on tyypillisesti seurausta tosiasiallisen varaston ja virtuaalisen varaston välisestä erosta, jota tietokonejärjestelmä valvoo ja laskee. Tämä tapahtuu tyypillisesti silloin, kun on tehty virhe tai järjestelmiä ei päivitetä kunnolla, ja se osoittaa, että tuotteita on myyty tai siirretty, mitä ei olisi pitänyt tehdä. Varastoon liittyvät ongelmat voivat ilmetä myös silloin, kun tuotteet katoavat, varastot oikaistaan kadonneiden tuotteiden poistamiseksi ja sitten ne löytyvät ilman varaston säätämistä.
Termi voi aluksi vaikuttaa ristiriitaiselta, koska se viittaa siihen, että yrityksellä voi olla alle nolla tuotetta, mutta se on kohtuullinen seuraus varastonhallinnasta. Se osoittaa pohjimmiltaan, että yritys on myynyt tuotteita, joita ei todellisuudessa ole olemassa, tai on myynyt tuotteita, jotka eivät kuuluneet varastotietueeseen. Tämä voi johtua järjestelmien välisestä väärinkäytöstä. Jos valmistava yritys on myynyt tuotteen ennen kuin se on tehty, on mahdollista, että varastojärjestelmä saattaa näyttää negatiivista varastoa, kunnes tuote on tehty ja määrä on korjattu.
Negatiivinen mainosjakauma voi johtua myös varaston virheellisestä laskemisesta tai tuotteiden vähentämisestä väärästä sijainnista yrityksessä. Jos laskelmat tietokoneessa osoittavat, että myymälässä pitäisi olla 12 tiettyä tuotetta, mutta työntekijä ei pysty itse löytämään näitä 12 kohdetta, ne voidaan vähentää myymälän varastosta. Tämän oletetaan yleensä johtuvan jonkinlaisesta kutistumisesta, ja se voi liittyä huonoihin vastaanottokäytäntöihin tai varkauksiin. Jos kaikki 12 tuotetta löydetään ja asetetaan hyllylle myyntiin ilman, että myymälän varastoa muutetaan, niiden myynti voi luoda negatiivisen varaston kyseiselle myymälälle.
Vaikka negatiivinen varasto ei välttämättä ole tuhoisa yritykselle, se voi johtaa huonoon kirjanpitoon ja vaikeuttaa varastonhallintaa. Yllä olevan esimerkin kauppa on menettänyt voittoja, koska tavaraa ei ole hyllyllä, ja se voi päätyä liikaa tuotteeseen, kun uusia tuotteita lähetetään myymälään ja puuttuvat tavarat löytyvät. Tilanne voi myös syntyä, jos yritys seuraa väärin samaa kohdetta eri paikoissa. Jos esimerkiksi kohteita on 50 paikassa A ja 100 tuotetta paikassa B, niin 100 myyntiä paikassa B, jotka on dokumentoitu virheellisesti paikasta A, aiheuttaisivat negatiivisen varaston sijaintipaikkaan A.