Yhteisyrityksen ja kumppanuuden välinen ero riippuu suurelta osin taloudellisesta, toiminnallisesta ja oikeudellisesta rakenteesta. Yhteisyritys on tilanne, jossa kaksi erillistä ja itsenäistä yksikköä työskentelevät yhdessä yhteisen tavoitteen saavuttamiseksi. Vaikka kumpikin tekee myönnytyksiä ja auttaa toista, heidän taloutensa ja toimintansa pysyvät erillään, eivätkä he todennäköisesti ole vastuussa toisen yhteisön veloista, paitsi hankkeen rajoissa. Kumppanuudessa kaksi aiemmin itsenäistä yksikköä yhdistää voimansa kolmannen kokonaisuuden luomiseksi. Siten heidän taloutensa ja toimintansa yhdistyvät ja kumpikin on vastuussa toisen velasta ja toiminnasta.
Yksi keskeinen tapa erottaa yhteisyritys kumppanuudesta on laillinen organisaatio. Kumppanuus on oikeussubjekti, joka on yleensä perustettu erityisten määräysten mukaisesti ja joka on rekisteröity hallintoelimelle. Yritysluvan saamiseksi on usein toimitettava oikeudelliset asiakirjat, jotka selittävät kumppanuuden luonteen. Yhteisyritys, vaikka sitä voidaan säännellä osapuolten välisellä sopimuksella, ei vaadi oikeudellista ilmoitusta ja useimmissa tapauksissa paperityötä.
Termit yhteisyritys ja kumppanuus viittaavat myös hyvin erilaisiin taloudellisiin ja toiminnallisiin rakenteisiin. Kumppanuudessa yhteisöt sulautuvat yhdeksi toimintojoukkoksi ja raportoivat tulot yhtenä kokonaisuutena. Voitot realisoidaan yhteisölle ja velat maksetaan.
Yhteisyrityksessä sopimuksen ehdot määräävät sen, minkä osan voitoista ja veloista kumpikin osapuoli toteuttaa. Sopimuksessa olisi myös määriteltävä kunkin osapuolen vastuu toiminnan suhteen. Kumpikin osapuoli maksaa verot ja velat itsenäisesti, ja kukin on vastuussa velvollisuuksiensa täyttämisestä käyttäen omaa henkilöstöään ja sijaintiaan.
Useimmissa tapauksissa suhteen kesto on erilainen yhteisyrityksen ja kumppanuuden välillä. Useimmat yhteisyritykset ovat luonteeltaan väliaikaisia. Ne voivat kestää jopa muutaman päivän tai jopa vuosia, mutta niiden on harvoin tarkoitus kestää kummankaan yksikön eliniän. Kumppanuudet luovat määritelmän mukaan kokonaisuuden ja kestävät siksi koko eliniän. Jos yksi kumppani haluaa erota, kumppanuus on purettava laillisesti ja uusi yksikkö tai yhteisöt on muodostettava.
On tärkeää huomata, että yhteisyritys ja kumppanuus eroavat toisistaan vain oikeudellisesti. Ei ole epätavallista, että yhteisyrityksen jäsenet kutsuvat toisiaan kumppaneiksi tai kertovat yleisölle, että he tekevät yhteistyötä tarjouksen tekemiseksi. Tämä voi johtua siitä, että sanalla “kumppani” on yleensä lämpimämpi ja vähemmän asiallinen asenne kuin termillä “yhteisyritys”.