Tutkimusohjelma koordinoi useita hankkeita, joilla on yhteinen tutkimustavoite. Tällaisia ohjelmia ohjaavat ja rahoittavat yleensä suuret organisaatiot, kuten yliopistot, yritykset, kansalaisjärjestöt ja hallitukset. Organisaation tarpeista ja intresseistä riippuen tutkimusohjelmat vaihtelevat suuresti sekä rakenteeltaan että tavoitteiltaan.
Tutkimusohjelmien johtajat pyrkivät ensisijaisesti koordinoimaan ja valvomaan kaikkia mukana olevia hankkeita ja varmistamaan, että ne pysyvät tehtävässä. Sponsoroiduilla projekteilla on tyypillisesti myös omat välittömät johtajat. Tämä henkilö on yleensä vastuussa tietyn projektin suunnittelusta ja toteuttamisesta.
Monissa tapauksissa tutkimusohjelman ja tutkimushankkeen välistä suhdetta voidaan verrata franchising -antajan ja franchising -saajan väliseen suhteeseen. Franchise-yhtiö tarjoaa vakiintuneita ohjeita ja tukijärjestelmän, kun franchising-asiakas työskentelee käytännössä oman liiketoimintansa kehittämiseksi. Kuten franchising -järjestelmässä, tutkimusohjelman yleinen menestys riippuu sen pienemmistä osatekijöistä. Hankkeen vetäjät voivat olla vuorovaikutuksessa keskenään, kun jonkin projektin onnistunut toiminta riippuu toisesta, tai he voivat suorittaa toimintansa itsenäisemmin. Kummassakin tapauksessa kaikki hankkeet ovat vastuussa valvontaohjelmasta ja sen tavoitteista.
Erilaisilla organisaatioilla on erilaisia tavoitteita uusien tutkimusohjelmien kehittämisessä. Voittoa tavoitteleva yritys saattaa käynnistää tutkimusohjelman saadakseen lisätietoja markkinoistaan, kilpailustaan ja mahdollisuuksistaan kehittää tuotteita tai palveluja. Näiden tutkimusohjelmien tarkoituksena on löytää markkinoiden vaatimukset, löytää tapoja vastata paremmin näihin vaatimuksiin ja tulla yleisesti kilpailukykyisemmiksi. Yritysten tutkimusohjelmia perustetaan usein myös menojen ja kustannusten tutkimiseksi, uusien tekniikoiden ja organisointityökalujen sisällyttämiseksi sekä valmistautumiseen suureen operaatioon, kuten suunnitteluhankkeeseen. Yritys voi myös kehittää tutkimusohjelmia sosiaalisten tavoitteiden tukemiseksi – ne voivat keskittyä ympäröivän yhteisön tai yrityksen omien työntekijöiden auttamiseen.
Myös sosiaalisesti suuntautuneet tutkimusohjelmat käynnistetään yleisesti kansalaisjärjestöiltä ja hallituksilta. Ne voivat olla suunnattu taloudelliseen tai poliittiseen kehitykseen, palvelujen, kuten koulutuksen tai terveydenhuollon, parantamiseen, yrittäjyyden edistämiseen kansalaisissa, ympäristönsuojeluun, uusien tulokkaiden integroimiseen yhteiskuntaan tai mihin tahansa tavoitteisiin, jotka organisaatio on asettanut itselleen. Hallitukset rahoittavat usein myös tutkimusohjelmia, jotka edistävät kasvua tietyillä toimialoilla. Yliopisto voi joskus keskittyä tutkimukseen itsensä vuoksi – toisin sanoen inhimillisen tiedon kehittämiseksi. Organisaatioiden välistä rahoitusta ja tutkimushankkeiden yhteistyötä voi tapahtua myös silloin, kun edut ovat päällekkäisiä.