Parhaan lääketieteellisen transkriptio -ohjelmiston valitseminen riippuu ensisijaisesti transkription tekijän tarpeista. Ohjelmissa on laaja valikoima ominaisuuksia ja monimutkaisuus vaihtelee. Ohjelmiston tulee myös noudattaa kaikkia lakeja ja määräyksiä, jotka liittyvät terveydenhuoltoon liittyviin tietoihin. On myös suositeltavaa määrittää asiakkaiden yhteensopivuusvaatimukset ennen ohjelman ostamista.
Yksi lääketieteellisen transkriptio-ohjelmiston tärkeimmistä ominaisuuksista on, että se on terveydenhuoltoon liittyvien tietojen välittämistä koskevien paikallisten määräysten mukainen. Esimerkiksi Yhdysvalloissa potilaita suojaa HIPAA -laki (Health Insurance Portability and Accountability Act). Tämä kongressitoimi varmistaa potilaille tietyn tason yksityisyyttä standardoitujen terveystietojen suojausmenetelmien avulla. On myös kansallisia terveystietojen viestinnän standardeja, joita on noudatettava. Transkription kirjoittaja voi joutua ostamaan ohjelmiston, joka on tämänkaltaisten määräysten mukainen voidakseen jatkaa toimintaansa.
Lääketieteellisessä transkriptio -ohjelmistossa on laaja valikoima ominaisuuksia. Kaiken kaikkiaan niiden tarkoituksena on auttaa transkriptoijia saattamaan projektit päätökseen mahdollisimman nopeasti ja samalla säilyttämään tarkkuuden, sillä monet tämän alan työntekijöistä saavat tuntipalkkaa. Ohjelmat vaihtelevat äänitiedostojen sieppaamisen, käsittelyn ja järjestämisen tavalla.
Ohjelmisto, jossa on sananlaajennustoiminto, voi nopeuttaa kirjoitusprosessia. Se tunnistaa sanat muutaman ensimmäisen painalluksen sisällä ja täyttää loput kirjaimet. Transkription kirjoittaja alkaa syöttää asiakirjassa käytettäviä yleisiä termejä, ja sitten joka kerta, kun transkription kirjoittaja alkaa kirjoittaa, ohjelma täyttää sanan. Sananlaajennukset toimivat sekä lyhenteiden että täydellisten termien kanssa.
Lääketieteellinen transkriptio -ohjelmisto voidaan myös ohjelmoida tallentamaan ääntä useilla tavoilla. Useimmat ohjelmat hyväksyvät erityyppisiä digitaalisia tiedostoja, kuten tiedostojen siirtoprotokollasta (FTP), datamuistista tai CD -levyltä ladattuja tiedostoja. Muut ohjelmat voivat käyttää puheensieppaustekniikkaa äänen ottamiseen ulkopuolisista lähteistä, kuten ääniviesteistä.
Toinen lääketieteellinen transkriptio -ohjelmisto käyttää puheentunnistustekniikkaa äänen siirtämiseen tekstiin. Monet ohjelmat lisäävät myös välimerkkejä. Vaikka tällainen ohjelmisto pystyy käsittelemään suurimman osan transkriptiohankkeesta, transkription tekijän on silti tärkeää tarkistaa koko tekstin tarkkuus. On myös todennäköistä, että ainakin joitakin välimerkkejä on lisättävä.
Koulutuksessa on myös ohjelmistoja lääketieteellisille transkriptoijille. Tyypillinen ohjelma opastaa käyttäjää sekä oppimaan tehokkaasti transkription prosessin että kehittämään vahvan lääketieteellisen termin sanaston. Useimmat tuotteet tarjoavat myös mahdollisuuksia opastettuun harjoitteluun monenlaisissa lääketieteellisissä asiakirjamuotoissa.