Luonnolliset ja viljellyt helmet kasvavat osterien sisällä. Luonnolliset helmet muodostuvat kuitenkin luonnollisesti ostereihin, kun taas viljeltyjä helmiä muodostuu ostereihin ihmisen istuttamalla ydin. Toinen tärkein ero näiden kahden välillä on se, että luonnollisella helmellä on paksummat helmi- tai helmiäinenkerrokset kuin viljellyillä helmillä.
Kaikkien helmien muodostamat helmirakenteet koostuvat mikroskooppisista kiteistä. Helmien värikäs viimeistely tulee kristallien täydellisestä kohdistuksesta siten, että ne heijastavat valoa. Nacre on 90% kalsiumkarbonaattia ja 10% vettä ja muita orgaanisia aineita. Ulompi kerros voi näyttää hyvin erilaiselta luonnollisten ja viljeltyjen helmien välillä; luonnonhelmet ovat usein vähemmän värikkäitä kuin viljellyt.
Luonnolliset ja viljellyt helmet voivat myös näyttää erittäin erilaisilta sisältä. Joskus voimakas valo riittää näkemään helmen sisälle, mutta yleensä helmen sisäkerrokset voidaan nähdä vain erityisillä röntgenlaitteilla. Viljellyillä helmillä on usein kapea ruskea viiva ytimen ympärillä, kun taas luonnollisilla helmillä ei ole mitään näistä kasvirenkaista.
Japanilaiset keksivät ydinmenetelmän prosessin helmien keräämisessä. Ihmisen osteriin istuttama ydin on yleensä suurempi kuin luonnollinen helmi, koska helmirakenteet eivät ole yhtä paksuja viljellyissä helmissä. Muussa tapauksessa osteri päällystää sekä helmiäiskalvoa keinona suojautua vieraalta ärsyttävältä aineelta.
Toisin kuin yleisesti ajatellaan, hiekanjyvä ei yleensä riitä osteria ärsyttämään, jotta se muodostaisi helmen. Luonnonhelmet muodostuvat usein kala -asteikosta, loisesta tai kuoren palasta. Sekä luonnolliset että viljellyt helmet ovat kysyttyjä nykypäivän markkinoilla, mutta suurin osa nykyään myydyistä helmistä on viljeltyjä. Ellei helmet ole yli 80 vuotta vanhoja, on hyvä mahdollisuus, että ne ovat viljeltyjä eikä luonnollisia.
Luonnonhelmet ovat harvinaisia, ja useimmat helmet tuottavat nilviäiset ovat lähes sukupuuttoon sukupuuttoon 1800 -luvun helmimetsästyksen vuoksi. Bahrain on yksi harvoista jäljellä olevista maista, jossa on helmesukeltajia, jotka etsivät luonnollisia helmiä. Mikä tahansa helmi voi olla kallista, koska kaikki osterit eivät tee niitä. Vain joka kymmenes osteri tuottaa helmen, ja vain harvoilla on haluttu kiilto ja muoto.
Sekä luonnonhelmien että viljeltyjen helmien ulkonäkö ei riipu pelkästään ärsyttävästä, vaan myös veden ja ruokaolosuhteista, joissa osteri elää. Jotkut kiinalaiset helmiviljelijät kasvattavat viljeltyjä makeanveden helmiä, jotka ovat hyvin paksuisia, koska ne siirtävät helmiytimiä osterissa kasvaessaan, jolloin tuloksena oleva muoto on tasaisempi. Akoya -helmet ovat japanilaisten ostereiden tuottamia viljeltyjä helmiä. Pyöreät helmet istutetaan ostereihin niin, että Akoya -helmet ovat yleensä paljon pyöreämpiä kuin useimmat viljellyt makeanveden helmet.