Johdon kirjanpitojärjestelmät keskittyvät tavaroiden ja palvelujen tuottamiseen yrityksessä liittyvien kustannusten seurantaan. Muutamia yleisimpiä järjestelmiä ovat perinteinen kustannuslaskenta, vähärasvainen kirjanpito, läpimenolaskenta ja siirtohinnoittelu. Jokainen näistä kirjanpitojärjestelmistä tarjoaa yrityksille eri menetelmän kustannusten seurantaa varten, jotta ne voivat tuottaa tavaroita ja palveluja mahdollisimman alhaisin kustannuksin. Järjestelmän noudattamatta jättäminen voi johtaa ylihintaisiin tavaroihin ja alentaa bruttokate.
Perinteiset hallinnan kirjanpitojärjestelmät seuraavat kustannuksia käyttämällä työtilauksia tai prosessien kustannusmenetelmiä. Jokainen näistä menetelmistä ja muut määrittävät sen, miten yritys jakaa kustannukset, jotka liittyvät suoriin materiaaleihin, suoraan työhön ja valmistuskustannuksiin. Työn tilauskustannuksia käytetään suurissa projekteissa, joissa kaikki kustannukset ovat helposti jäljitettävissä yksittäisiin projekteihin. Prosessikustannus jakaa kustannukset homogeenisten tavaroiden tuottamiseen käytettyjen prosessien määrän perusteella. Nämä tavarat käyvät läpi jatkuvan prosessin, ja niitä on vaikea maksaa erikseen.
Lean -kirjanpito on johtava kirjanpitojärjestelmä vallankumouksellisempi tekniikka. Yksinomaan kustannuksiin keskittymisen sijaan kevyt kirjanpito on menetelmä, joka esittelee strategian kustannusten vähentämiseksi poistamalla jätteet. Tämän järjestelmän kirjanpitäjät tarjoavat lähes välittömiä taloudellisia tietoja päätösten tekemiseksi, arvovirtojen arvioimiseksi ja kannattavuuden mittaamiseksi. Kaikki ylimääräiset kustannukset voivat olla jätettä ja leikata järjestelmästä näiden tietojen perusteella.
Suorituskykyä koskevaa kirjanpitoa ei tyypillisesti pidetä kustannuslaskentaprosessina perinteisissä johtamisen kirjanpitojärjestelmissä. Kirjanpitäjät keskittyvät tunnistamaan yrityksen tuotantojärjestelmän rajoitukset. Rajoitukset sisältävät riittämättömät materiaalit, työvoiman tai tuotantokapasiteetin yrityksen tiloista. Näiden rajoitusten vähentäminen mahdollistaa lisää tuotantoa, mikä lisää tuotantomäärää ja alentaa siten kunkin tuotetun yksikön kustannuksia. Useimmissa tapauksissa tämä menetelmä voi toimia perinteisten työtilaus- tai prosessikustannusjärjestelmien kanssa.
Siirtohinnoittelu on toinen yleinen kirjanpitojärjestelmä. Tämän menetelmän mukaan yritykset maksavat tavaroita kulkiessaan eri osastojen läpi. Jokainen tuote siirretään eri osastoille tai prosessille, ja jokainen lisää tuotteen pienen osan kustannuksista.
Siirtohintaan lisätyt yhteiset kustannukset sisältävät muuttuvat kustannukset ja vaihtoehtoiskustannukset. Mahdollisuuskustannukset edustavat sitä summaa rahaa, joka yritykselle maksaisi tuotannon ulkoistamisesta ulkopuoliseen muotoon. Saatavilla on myös muita siirtohinnoittelumenetelmiä. Siirtohinnoittelun joustavuus nähdään usein tämän järjestelmän eduna.