Luonnollista hammastahnaa käytetään joskus vaihtoehtona perinteisille hampaidenpuhdistustuotteille. Monet ihmiset pitävät luonnollisesta lajikkeesta, koska siinä ei ole kemiallisia vaahdotus-, puhdistus- ja valkaisuaineita. Luonnollinen hammastahna sisältää usein kasvi- ja maa-ainesosia, kuten kalsiumia, sinkkiä, kasvisglyseriiniä ja karpalouutetta. Luonnollinen hammastahna ei yleensä käytä keinotekoisia ainesosia, kuten natriumlauryylisulfaattia tai propyleeniglykolia, synteettistä petrokemikaalia, jota käytetään joskus pakkasnesteessä.
Useimmat luonnolliset hammastahnat käyttävät kasviperäisiä ainesosia vaahdotusaineina. Yksi tällainen ainesosa on glysyrritsiini, ainesosa, joka on saatu lakritsijuurista. Tämä yhdiste on myös 30-50 kertaa makeampi kuin tavallinen pöytäsokeri. Toinen vaahtoava ainesosa, jota käytetään joskus luonnollisessa hammastahnassa, on natriumkookyyliglutamaatti. Tämä ainesosa on kemiallisesti samanlainen kuin natriumlauryylisulfaatti, mutta se on valmistettu glutamaatti -aminohaposta ja kookosöljystä synteettisen luomisen sijaan.
Luonnollinen hammastahna sisältää yleensä ei-kemiallisia makeutusaineita, kuten ksylitolia. Ksylitoli on luonnollinen kasvi -ainesosa, joka on kevyesti makea ja auttaa estämään ja estämään plakkia ja onteloita. Stevia on toinen mahdollisuus luonnolliseen makeuttamiseen. Stevia on lehtikasvi, joka maistuu paljon makeammalta kuin sokeri, mutta sen väitetään olevan paljon terveellisempää. Sorbitolia, maissipohjaista makeutusainetta, käytetään myös joskus. Nämä ainesosat ovat tyypillisesti vaihtoehtoja perinteisille makeutusaineille, kuten sakariinille.
Valkaisuaineet luonnollisessa hammastahnassa ovat tyypillisesti kasvi- ja mineraaliperäisiä. Kalsiumkarbonaattia, ainetta, joka on peräisin kivistä ja merieläinten kuorista, käytetään joskus valkaisuaineena. Silika, jota usein esiintyy hiekana, on toinen ainesosa, jota joskus käytetään. Muita ainesosia voivat olla bambujauhe tai natriumfluoridi, joka on peräisin malmifluoresta. Tällaiset ainesosat korvaavat perinteiset valkaisuaineet, kuten kalsiumperoksidi ja karbamidiperoksidi, jotka ovat peräisin vetyperoksidista ja eläinten ureasta.
Jotkut luonnolliset hammastahnat eivät sisällä fluoridia. Fluoridi auttaa estämään reikiintymistä ja hampaiden reikiintymistä, mutta monet kuluttajat ovat epäillyt sen tarpeellisuutta hammastahnassa. Fluoridi voi myrkyttää yksilön, jos sitä niellään liikaa. Tämä voi olla erityisen vaarallista, kun fluoria käytetään lasten hammastahnassa, koska lapset usein nielevät hammastahnaa harjauksen aikana. Lähes kaikki perinteiset hammastahnat sisältävät fluoridia, mutta monet luonnolliset hammastahnan valmistajat tekevät tuotteistaan fluoridittoman version.
Yksinkertainen luonnollinen hammastahna voidaan valmistaa kotona yhdistämällä tavallisia kotitalouden ainesosia. Ruokasoodan, suolan, veden ja glyseriinin seosta voidaan käyttää aivan kuten perinteistä hammastahnaa. Piparminttuöljyä lisätään usein seokseen maun parantamiseksi.