Amylaasin, entsyymin, joka hajottaa tärkkelykset ja monimutkaiset sokerit yksinkertaisiksi sokereiksi, rakenne on yleensä melko yksinkertainen, mutta entsyymillä on tärkeä rooli hiilihydraattien hajotuksessa. Tästä molekyylistä on kaksi eri muunnosta, nimeltään alfa -amylaasi ja beeta -amylaasi. Ihmiskehossa on kahdenlaisia alfa -amylaaseja, yksi syljessä ja toinen haimassa. Molemmat molekyylit ovat tärkeitä hiilihydraattien hajotuksessa, koska keho ei pysty sulattamaan monimutkaisia sokereita ja tärkkelyksiä hajottamatta niitä ensin. Beeta -amylaasia ei ole ihmiskehossa, ja sitä esiintyy yleensä kasveissa ja siemenissä.
Vaikka amylaasin rakenne ja tyyppi voivat vaihdella organismien välillä, kaikilla amylaasimolekyyleillä on joitain ominaisuuksia. Sekä alfa- että beeta -amylaasit sisältävät rakenteen, jota kutsutaan tynnyri -alueeksi, joka vaikuttaa suuresti entsyymin yleiseen muotoon. Kaikilla entsyymeillä on myös olennainen alue, jota kutsutaan aktiiviseksi alueeksi. Tämä on entsyymin osa, joka sitoutuu monimutkaiseen sokeriin tai tärkkelykseen hajottaakseen sen. Hiilihydraattien hajottamisprosessi aktiivisessa kohdassa sisältää vuorovaikutusta useiden atomien ja ionien ryhmien välillä sekä aktiivisessa kohdassa että hiilihydraattimolekyylissä.
Ihmiskehossa amylaasin rakenne on samanlainen riippumatta siitä, löytyykö sitä syljestä tai haimasta. Molemmat ihmisen amylaasivariantit ovat pieniä molekyylejä, jotka koostuvat yhdestä rakennuspalikoiden ketjusta, joita kutsutaan aminohapoiksi. Aminohappoketju muodostaa kolme erillistä aluetta, joita kutsutaan domeeneiksi, ja kullakin domeenilla on erityinen biologinen toiminto, joka auttaa hiilihydraattien hajoamisessa. Kaksi näistä domeeneista liittyy tiiviisti yhteen, kun taas kolmas domeeni voi vaihdella merkittävästi amylaasien välillä. Samankaltaisuudestaan huolimatta syljen ja haiman amylaasit eivät ole keskenään vaihdettavissa; haiman amylaasi yleensä lopettaa työn, josta syljen amylaasi alkoi.
Vaikka amylaasin rakenne on yleensä yksinkertainen, on joitain muunnelmia, jotka ovat huomattavasti monimutkaisempia kuin useimmat. Useimmat alfa -amylaasit ovat pituudeltaan hyvin samankaltaisia, mutta jotkut taittuvat useampaan kuin kolmeen yleiseen domeeniin. Jotkut beeta -amylaasit ovat valtavia verrattuna alfa -amylaaseihin, ja ne sisältävät neljä erillistä aminohappoketjua yhden sijasta. Tässä tapauksessa rakennetaan neljä kertaa suurempi amylaasirakenne kuin useimmat muut. Monet tutut ruokakasvit sisältävät tämän tyyppistä amylaasia, mukaan lukien ohra, soijapavut ja bataatit, mutta amylaasimolekyylin koko ei paranna tai heikennä kasvin ravitsemuksellisia ominaisuuksia.