Parhaan alligaattorilihan valitseminen voi riippua omasta maustasi ja siitä, mitä etsit. Häntäosaa pidetään tyypillisesti parhaan makuisena alligaattorilihana, vaikka henkilökohtaiset mieltymykset voivat vaihdella. Muut alligaattorilihat, kuten kylkiluut ja keskiosa, ovat tummempia ja niillä on yleensä voimakkaampi maku, mikä saattaa olla sitä mitä etsit. Hännässä on myös osa, joka tunnetaan sisäfileenä, joka on usein erittäin haluttu. Alligaattorit voivat myös maistua eri tavalla riippuen siitä, ovatko he maatilalla kasvatettuja vai pyydettyjä luonnosta, ja hellävaraisin, maukkain liha tulee tyypillisesti alle kuuden metrin pituisista (noin kahden metrin) pituisista eläimistä.
Alligaattoreita on kaksi, yksi Pohjois -Amerikassa ja toinen Kiinassa. Kiinalainen alligaattori on lueteltu kriittisesti uhanalaisena lajina, kun taas amerikkalaista alligaattoria on runsaasti, ja sitä löytyy kaikkialta Kaakkois -Yhdysvalloista. Ihmiset syövät molempia lajeja, vaikka amerikkalaista alligaattoria viljellään laajasti lihansa ja piilonsa vuoksi, ja monissa osavaltioissa on myös lyhyet metsästyskaudet vuosittain. Alligaattorien liha voi olla samanlainen maku kuin kana, sammakon jalat tai kala, vaikka pehmeää tekstuuria verrataan joskus vasikanlihaan.
Suurin osa ihmisten syömästä alligaattorilihasta tulee hännästä, vaikka paras leikkaus voi riippua omasta maustasi. Alligaattorin hännänliha on valkoista, sen maku on lievä ja sitä voidaan käyttää korvikkeena monissa resepteissä, joissa vaaditaan mereneläviä, kanaa tai vasikanlihaa. Viljan poikki leikattu liha on tyypillisesti kaikkein herkimpiä, samoin kuin leikkaukset, jotka ovat peräisin eläimiltä, jotka eivät ole liian vanhoja tai pitkiä. Kaksi vuotta vanha ja noin kaksi metriä pitkä on tyypillisesti maukkaimman ja herkimmän lihan yläraja.
Myös muut alligaattorilihan palat voivat sopia hyvin erilaisiin tarkoituksiin. Alligaattorin kylkiluut ja keskikohdan liha ovat tummempia ja niiden maku on voimakkaampi kuin hännänliha. Kylkiluut ja keskiosan liha ovat tyypillisesti myös karkeampia ja sileämpiä, hieman verrattavissa sianlihan olkapäähän. Nämä palat yhdessä jalkojen lihan kanssa sopivat hyvin hampurilaisten, patojen, makkaran ja paikallisten ruokien, kuten jambalayan ja etouffeen, käyttöön.
Toinen tekijä, joka on otettava huomioon etsittäessä parasta alligaattorilihaa, on se, miten se on kasvatettu. Maatilalla kasvatettu alligaattoriliha voi maistua kanalta, kun taas luonnonvaraisten alligaattorien sanotaan usein maistuvan enemmän kuin kala. Kumpikaan lihatyyppi ei välttämättä ole ylivoimainen, vaikka henkilökohtainen makusi tai resepti, jonka aiot tehdä, saattavat sopia paremmin yhteen tai toiseen lähteeseen.