Makkarankuoreen on kaksi laajaa luokkaa: luonnollinen ja keinotekoinen. Luonnollinen makkarankuori on valmistettu eri eläinten suolista tai mahalaukusta ja se läpäisee ilmaa ja ulkopuolisia aromeja samalla kun se on erittäin vahva ja syötävä. Keinotekoinen makkarakotelo voidaan valmistaa kollageenista, selluloosasta, puuvillasta tai muovista, eikä se yleensä ole syötävä tai yhtä joustava kuin luonnollinen kuori, mutta se on paljon kustannustehokkaampi ja yhtenäinen koko ja laatu. Käytetyn makkarankuoren tyyppi määräytyy yleensä valmistettavan makkaratyypin mukaan, ja keinotekoisia kuoria käytetään suurempiin tai massatuotteisiin, ja luonnolliset kuoret ovat suositumpi valinta kotimakkaran valmistukseen ja linkit, jotka käsitellään savulla.
Luonnollista makkarankuorta on itse asiassa useita lajikkeita sen mukaan, minkä tyyppisestä eläimestä se on valmistettu. Sian suolista valmistetut siankuoret antavat makkaralle erittäin lihaisen maun ja niitä käytetään usein aamiaislinkkien valmistukseen. Lampaankuoret ovat yleensä pienempiä kuin muut luonnolliset kuoret ja niitä käytetään pieniin tai ohuisiin makkaroihin.
Naudankuoret ovat erittäin kestäviä, ne voivat olla hyvin suuria ja niitä voidaan käyttää monenlaisiin suuriin makkaroihin tai salameihin. Naudankuoren käytön etuna on, että siitä voidaan poistaa suuri määrä rasvaa, jolloin makkaranlihalle jää hyvin laiha astia. Jotkut naudanlihan kuoret on itse asiassa valmistettu lehmän vatsan limakalvosta, ja niitä voidaan käyttää käärimään suurempia makkaratuotteita.
Keinotekoisia makkarakoteloita on monenlaisia ja ne on suunniteltu toimimaan tietyillä tavoilla. Muovikuoret ovat paksuja ja estävät kosteutta ja bakteereja pääsemästä lihan sisälle ja auttavat myös pitämään kovien makkaroiden muodon. Kuitukotelot voidaan valmistaa erityyppisistä kuiduista ja ne ovat erittäin vahvoja; kuoren sisällä oleva proteiinivuori antaa niille myös mahdollisuuden kutistua, kun makkara kuivuu. Kumpikaan kotelotyyppi ei yleensä ole syötävä.
Toinen keinotekoinen makkarakotelo on valmistettu selluloosasta ja se on muodostettu materiaaleista, jotka on tarkoitettu lopulta liukenevaksi kosteuteen tai ajan mittaan, mikä tarkoittaa, että makkara voidaan kääriä ja suojata tuotannon tai vanhentamisen aikana ja sitten olla vapaa kotelosta, kun se toimitetaan kuluttaja. Viimeinen keinotekoinen makkarakotelo on valmistettu kollasta, joka on peräisin rustosta ja eläinten luista. Tämä on yksi yleisimmin käytetyistä suojuksista, jotka vastaavat läheisesti monia luonnollisen lajikkeen ominaisuuksia. Kollageenikuoret voivat olla syötäviä tai muiden keinotekoisten kuorien tapaan ehkä poistettava ennen makkaran syömistä.