Fontinajuustoa valittaessa asiakkaan tulee kiinnittää huomiota kaikkiin juuston ominaisuuksiin. Juusto on tarkastettava silmämääräisesti sen varmistamiseksi, että väri on tasainen ja ettei siinä ole homeita. Juuston käsittely voi auttaa määrittämään, onko juusto kypsynyt tasaisesti. Jos mahdollista, juustoa on myös haistettava ja maistettava ennen ostamista, koska fontinajuuston laatu perustuu enimmäkseen sen makuun.
Ostajan tulee tarkistaa juuston ulkonäkö ennen ostamista. Fontina-juusto on yleensä vaaleankeltainen tai kermanvärinen keskellä, ja sen kuori on voimakkaampi keltainen, joka on yleensä keskikokoinen oranssinruskea. Juustossa ei saa olla sinisiä tai vihreitä täpliä, jotka osoittavat, että juustossa on homehtumista. Pieniä reikiä juustossa voidaan jättää huomiotta, koska ne muodostuvat tavallisesti ilmakuplien jäädessä käymisjuustoon.
Rakenne on toinen tärkeä näkökohta fontina -juustoa valittaessa. Pehmeimmän fontin pitäisi antaa puristettaessa, mutta sen ei pitäisi olla niin pehmeää, että se hajoaa. Vahvimmillaan fontina on jäykkä kosketukseen, vaikkakaan ei yleensä yhtä luja kuin kuiva tunkki tai parmesaani. Rakenteen tulisi olla samanlainen koko juustossa, ilman pehmeitä tai kovia pisteitä.
Myös juuston haju on otettava huomioon juustoa valittaessa. Yleensä nuorella fontinajuustolla, joka on vielä pehmeää, on mieto tuoksu, mutta se ei saa olla liian pistävä. Vanhemmalla juustolla voi olla voimakas haju. Fontina -juusto kypsyy, jos se jätetään huoneenlämpöiseksi, jolloin haju lisääntyy.
Lopuksi tärkein fontina -juuston valinnan tekijä on juuston maku. Aina kun mahdollista, juustosta tulee ottaa näyte ennen ostamista, mikä on yleinen käytäntö juustoputiikeissa ja jopa joissakin nykyaikaisissa ruokakaupoissa. Nuorempi juusto on kevyttä ja kermaista, mutta ikääntynyt fontina on pähkinäisempi ja monimutkaisempi. Maistamalla juustoa ensin asiakas voi varmistaa, että hän ostaa juuston, josta hän nauttii. Henkilön tulisi valita fontinajuusto, jolla on sellainen maku, joka täydentää parhaiten sen haluttua käyttöä.