Maitoton jogurtti on suosittu valinta ihmisille, jotka noudattavat maitotonta ruokavaliota, tai niille, jotka ovat laktoosi-intolerantteja. Saatavilla on monia erilaisia maitotonta jogurttia, joista monet käyttävät vaihtoehtoisia emäksiä luodakseen tuotteen, jolla on perinteisen jogurtin rakenne ja terveyshyödyt. Jotkut suosituimmista lajikkeista sisältävät kookosjogurtin, soijajogurtin, manteli -jogurtin ja riisijogurtin. Maitotonta jogurttia voidaan valmistaa myös kotona maidottomalla aloitusseoksella.
Kookosjogurtti on yksi suosituimmista suuntauksista ei-meijerituotteissa. Käyttämällä kookosmaitopohjaa tämäntyyppistä jogurttia on kymmeniä makuja. Yksi kookostuotteiden tunnusmerkeistä on runsas, silkkinen rakenne ja ripaus kookosmakua. Kookospähkinätuotteiden kaloripitoisuus ja tyydyttymätön rasvapitoisuus ovat yleensä hieman korkeammat kuin perinteinen meijeripohjainen jogurtti, mutta tämä voi riippua brändistä ja maun valinnasta. Kookosjogurtit ovat erinomaisia smoothieissa ja sisältävät usein samoja terveitä bakteeriviljelmiä kuin tavallinen jogurtti.
Soijajogurtti voi olla hyvä vaihtoehto niille, jotka eivät pidä kookosjogurtin mausta tai joilla on kookosallergia. Soijatuotteisiin perustuva tämäntyyppinen jogurtti on luonnollisesti runsaasti proteiinia, ja se voi olla loistava valinta treenin jälkeiseen välipalaan. Yhden annoksen soijajogurtilla on yleensä hieman vähemmän kaloreita kuin täysmaidon maitojogurtilla, ja se on yleensä vähärasvaista. Soijajogurttia tulisi välttää kaikkien soija -allergikoiden kanssa.
Manteliton maidoton jogurtti on valmistettu mantelimaidosta, ja sitä voi olla vaikea löytää monista ruokakaupoista. Siitä huolimatta tämä herkullinen ei-meijerivaihtoehto on sileä, pähkinäinen maku, ja kaikki terveet rasvat ja proteiinit löytyvät manteleista. Mantelijogurtti on melko helppo valmistaa kotona käyttämällä valmistettua mantelimaitoa tai sekoittamalla ja siivilöimällä kokonaisia manteleita maidon luomiseksi. Yhdistämällä mantelimaito pro-bioottiseen viljelyyn ja kuumentamiseen jogurtti voi muodostua muutamassa tunnissa.
Riisipohjainen maidoton jogurtti on toinen suosittu tapa nauttia jogurtin eduista ilman maitotuotteita. Riisimaidosta valmistettu tämä vaihtoehto voi olla hyvä valinta ihmisille, joilla on pähkinä- tai soija -allergia, sekä niille, jotka välttävät maitotuotteita elämäntapoihin tai ruokavalioon. Riisijogurtti on melko harvinainen kaupallinen tuote, mutta se voidaan valmistaa kotona valmiilla jogurtti -alkupaloilla. Riisijogurtin koostumus ei ehkä ole yhtä silkkinen tai johdonmukainen kuin muut maidottomat jogurttituotteet.