Leivonnaisten resepteissä voidaan käyttää monenlaisia hedelmiä, kuten kakkuja, leipiä ja muffinsseja. Yleisimpiä muffinsseissa käytettyjä hedelmiä ovat mustikat, karpalot ja banaanit. Muissa hedelmämuffinsseissa yhdistyvät eri hedelmien tarjoamat maut ja perinteisesti muissa leivonnaisissa esiintyvät maut, kuten kaneli, vanilja ja suklaa.
Lähes minkä tahansa hedelmämuffinin reseptin perusta sisältää joitain ainesosia, jotka ovat yhteisiä monille leivonnaisille. Esimerkiksi useimmat muffinssireseptit vaativat jauhoja, leivinjauhetta ja sokeria. Muita useimpien reseptien yleisiä ainesosia ovat lyhennys, maito ja suola. Muffinit paistetaan perinteisesti muffinssivuokissa, jotka on joko voideltu tarttumisen estämiseksi tai vuorattu paperikuppikakkuilla. Tyypillisen muffinivuoan koon lisäksi minimuffinssivuoat ovat saatavilla myös niille, jotka haluavat tehdä välipala-kokoisia leivonnaisia.
Eri marjat edustavat yleisimpiä vaihtoehtoja hedelmämuffinien valmistukseen. Mustikat ja karpalot ovat listan kärjessä, mutta mansikoita ja vadelmia löytyy myös yleisesti muffineista. Niille, joilla on vaikeuksia päättää suosikkimarjastaan, mukaan lukien monenlaiset marjat, on myös vaihtoehto lisätä makua ja väriä.
Olipa aamiainen tai välipala, hedelmämuffinit, joissa on banaaneja, ovat toinen suosittu vaihtoehto leipomoissa ja kahviloissa. Tällainen leivonnainen on yksinkertaisesti pienempi, kannettavampi versio yhä suositummasta banaanileivästä. Tyypillisesti banaaneista valmistetuissa hedelmämuffineissa on myös pähkinöitä. Pähkinöitä, jotka usein yhdistetään banaanien kanssa, ovat saksanpähkinät ja mantelit.
Perinteisten vaihtoehtojen lisäksi muffinsseja voidaan valmistaa myös muista hedelmistä. Esimerkiksi kirsikat ja aprikoosit toimivat hyvin ainesosina joko yksinään tai yhdessä muiden hedelmien kanssa. Muita vaihtoehtoja ovat reseptin lisääminen persikka- tai päärynäpaloja. Lisäksi kuivatut hedelmät, kuten rusinat, sekoitetaan usein tuoreiden hedelmien kanssa lopputuotteen rakenteen vaihtamiseksi.
Hedelmien yhdistäminen muihin aromeihin ja ainesosiin on toinen yleinen leipureiden ja kotitekijöiden taktiikka. Muffinsiresepteissä usein käytettyjä lisäaineita ovat kaurapuuro, leseet ja hunaja. Yleisesti lisättyjä mausteita ovat vanilja, kaneli ja muskottipähkinä. Jopa vihannekset, kuten kesäkurpitsa ja porkkanat, voidaan silppua ja yhdistää hedelmiin muffinitaikinaan.
Kun keskustellaan kulutukseen saatavista hedelmämuffineista, on tärkeää ottaa huomioon muiden leivonnaisissa yleisesti esiintyvien ainesosien ja täytteiden sisällyttäminen. Esimerkiksi mustikoita yhdistetään usein juustokakun kanssa mustikka-juustokakku-muffinssien valmistamiseksi. Suosittuja muffinitäytteitä ovat streusel, tomusokeri ja jonkinlainen kuorrutus.