Yhä enemmän ollaan yksimielisiä siitä, että jalostetun lihan ylensyönti voi olla epäterveellistä, mutta näihin mielipiteisiin suhtaudutaan myös paljon skeptisesti, eikä asiasta ole varmuutta. On tehty useita tutkimuksia, jotka viittaavat siihen, että makkaran, salaamin, pekonin ja muun jalostetun lihan kaltaisten tuotteiden kulutus voi aiheuttaa tiettyjä terveysriskejä. Näitä ovat mahdollinen yhteys sydänsairauksiin, diabetekseen ja mahdollinen yhteys paksusuolen syöpiin. Jotkut asiantuntijat kyseenalaistavat näiden tutkimusten taustalla olevien tutkimusmenetelmien laadun, osittain ihmisten ruokavalion tutkimisen luontaisten vaikeuksien vuoksi ja osittain joidenkin käytettyjen tutkimusmenetelmien vuoksi.
Asiantuntijoiden mielestä on olemassa muutamia mahdollisia syitä, miksi jalostettu liha voi olla vaarallisempaa ihmisen terveydelle kuin tuore liha. Yksi mahdollisuus on korkeampi natriumpitoisuus, jota usein esiintyy jalostetuissa lihatuotteissa. Suolaa käytetään usein asioiden säilyttämiseen, ja moniin jalostettuihin elintarvikkeisiin lisätään usein merkittäviä määriä. Jotkut tutkimukset viittaavat jo mahdolliseen yhteyteen natriumin ja korkean verenpaineen välillä, joten tämä saattaa olla yksi ensisijaisista syistä. Toinen mahdollisuus on sisällyttää nitraateiksi kutsutut kemikaalit, jotka tyypillisesti sisältyvät myös säilyttämiseen.
Jotkut ihmiset ovat vastanneet näihin tutkimuksiin pyrkiessään luomaan oman jalostetun lihansa kotona. Näissä tapauksissa ihmiset usein vähentävät suolaa tai ainakin minimoivat muiden kemikaalien käytön. Nämä ihmiset uskovat, että näiden toimenpiteiden toteuttaminen voi antaa heille mahdollisuuden syödä salaamia, makkaraa ja muita jalostettuja elintarvikkeita altistamatta itseään niin suurelle vaaralle. Tämän lähestymistavan todellista tehokkuutta ei yleensä ole tutkittu kovin perusteellisesti.
Jotkut skeptiset suhtautuvat joihinkin tutkimuksiin, jotka herättävät huolta jalostetuista lihatuotteista. Jotkut skeptiset tutkijat ajattelevat, että tutkimus saattaa näyttää väärän yhteyden, ja tämä voi tapahtua muutamalla eri tavalla. Esimerkiksi, jos useimmilla ihmisillä, jotka söivät suuria määriä makkaraa, oli myös jokin muu yhteinen elämäntapa, kuten liikunnan puute, saattaa olla vaikeaa määrittää, mikä niistä todella aiheutti yhdistyksen. Tutkimukset pyrkivät yleensä sopeutumaan näihin mahdollisuuksiin, mutta asiat voivat joskus hiipiä läpi, varsinkin kun tulokset ovat tilastollisesti marginaalisia.
Toinen mahdollinen ongelma monissa elintarviketutkimuksissa on niiden suorittamiseen kuluva aika ja osallistumisen vaikeus. Monet tutkimukset yksinkertaisesti pyytävät ihmisiä noudattamaan ruokavaliota tietyn ajan tai antamaan heille kyselyn siitä, millaisia ruokia he ovat syöneet. Koska monia näistä tutkimuksista ei välttämättä valvota, inhimillinen elementti tulee usein peliin, ja ihmiset voivat luopua ruokavaliosta tutkimuksen aikana tai muistaa yksityiskohdat väärin, kun vastaavat kyselyihin.