Kuppikakut ovat täydellinen yksittäinen vaihtoehto perinteisille kakkuille ja piirakoille. Kuppikakut säilytetään ja kuljetetaan niiden herkän luonteen vuoksi tyypillisesti erityisesti suunnitelluissa laatikoissa, jotka auttavat estämään vaurioita. Ostajat voivat valita monenlaisia cupcake -laatikoita kuljetettaessa näitä kakkuja, mukaan lukien perus- ja erittäin koristeelliset yksiköt. Saatavana on sekä muovi- että pahvilaatikoita riippuen siitä, kuinka paljon suojaa tarvitaan, ja jokainen näistä materiaaleista voidaan valmistaa kuljettamaan missä tahansa yhdestä kymmeneen cupcakea tai enemmän.
Muoviset cupcakes -laatikot, jotka on valmistettu materiaaleista, kuten polyeteenistä, ovat yksi perinteisimmistä vaihtoehdoista kuppikakkujen kuljettamiseen. Näissä yksiköissä on tyypillisesti simpukkakuori, jonka kansi napsahtaa tukevasti paikoilleen ja pysyy paikallaan. Muovilaatikot voidaan muotoilla valmiiksi tiettyjen kuppikakkujen säilyttämiseksi, tai niissä voi olla sileä sisätila, johon mahtuu sama määrä yksiköitä. Nämä laatikot ovat erityisen suosittuja tukkumyyjien ja leipureiden keskuudessa, jotka myyvät valmiiksi pakattuja kuppikakkuja. Muoviset cupcake-laatikot tarjoavat erinomaisen kestävyyden ja kosteudenkestävyyden, ja niitä löytyy yksittäisiä annoksia tai suurempia.
Pahvi cupcake -laatikot tarjoavat tyypillisesti koristeellisemman ulkonäön kuin muoviset, joten paketti on olennainen osa kokemusta. Joillakin on vankka ulkopinta, kun taas toisilla on muovinen kansi, jotta ostajat näkevät tarkalleen mitä he saavat avaamatta laatikkoa. Leipomot sisältävät usein erityisiä lisäosia näihin laatikoihin pitämään cupcakes erillään ja pystyssä kuljetuksen aikana. Jotkut on mitoitettu pitämään yhden cupcake, kun taas toiset pitävät tusinaa tai enemmän.
Erikoisleipomoissa asiakkaille, jotka ostavat vain yhden kuppikakun, voidaan antaa erityinen lahja tai näyttölaatikko. Nämä cupcake -laatikot voivat olla valmistettu koristeellisesta pahvista tai kirkkaasta muovista, ja ne voidaan koristaa nauhalla tai muilla esineillä. Yhden annoksen lahjapakkausten ansiosta ostajien on helppo pitää kuppikakkua ylellisenä kokemuksena tai viedä kuppikakku ystävälle erityisenä herkuna. Näitä laatikoita käytetään myös juhlissa ja muissa tapahtumissa kuppikakkujen toimittamiseksi vieraille juhlaksi.
Vaikka tavallisella cupcake -laatikolla on neliö tai suorakulmainen muoto, jossa on litteä kansi, toiset ovat erikoistuneempia. Jotkut yksittäiset annosastiat ovat pyöreitä, ja niissä on kirkkaasta muovista valmistettu napsautettava kansi. Kaiken kokoisissa pahvilaatikoissa voi olla koristeellisempi kansirakenne, jossa eri osat taittuvat yhteen ja lukittuvat muodostaen pylväskannen tai jopa nauhaa muistuttavan mallin. Joissakin huippuluokan cupcake-laatikoissa on jopa sisäänrakennettu kahva, joka luodaan taittamalla kansi erityisellä tekniikalla.