El salvadorilaista versiota quesadillasta kutsutaan pupusaksi, joka on valmistettu joko maissista tai jauhoista. Yksi tämän Keski -Amerikan maan suosituimmista ruokalajeista, pupusas voi pakata runsas ja maukas booli. Kuten sen meksikolainen serkku, se sisältää useita ainesosia juustosta ja lihasta papuihin ja vihanneksiin.
Arkeologiset todisteet viittaavat vähintään 2,000 vuoden pituiseen pupusa -tuotantoon El Salvadorissa. Alkuperäiskansojen Pipil -heimosta alkaen ruokalaji suosio nousi uudelleen esikaupunkien laajentuessa 20 -luvun loppupuolella. Vuonna 2011 pupusariat kohtaavat Keski -Amerikan maisemaa, ja niitä löytyy runsaasti hajallaan useista suurista kaupungeista ulkomailla – erityisesti Yhdysvalloissa, jonne monet El Salvadorin asukkaat muuttivat sisällissodan aikana 1980 -luvulla.
Pupusa valmistetaan pyörittämällä pieni ympyrä taikinaa kämmenelle. Perinteisesti käytetään joko riisijauhoa tai maissijauhoa, joka tunnetaan nimellä masa de maiz. Sitten toisen käden sormilla tehdään ympyrän kanssa pieni tasku, johon juusto ja muut täytteet menevät. Monet El Salvadorialaiset käyttävät tähän paikallista juustoa, nimeltään quesillo. Taikina kääritään sitten varovasti taskun aukon ympärille ja suljetaan, usein harjaamalla munankeltuainen. Ylimääräisen taikinan leikkaamiseen käytetään saksia, ja pupusa puristetaan käsien väliin, jotta saadaan rasvainen, litteä levy.
Mahdollinen täyte juuston mukana on valmistettu yhdestä tai useammasta perinteisestä ainesosasta. Paistetut pavut ovat melko yleisiä, samoin kuin sianliha tai kana, joko grillattu tai paistettu. Chicharron – paistetut sianlihan kuoret – ovat myös suosittu tuote. Kulinaaristen mahdollisuuksien valikoima on laaja, mukaan lukien äyriäiset, paahdetut vihannekset ja paikalliset yrtit, kuten korianteri tai paprika.
Pupusa on pienempi versio Euraasian sävystä, joka on peräisin viisi vuosituhatta sitten Georgian kansasta. Nämä leivät ovat kuitenkin tyypillisesti grillattuja tandoor-tyylisessä uunissa. Pupusa voidaan kuitenkin valmistaa paistinpannulla tai litteällä grillillä.
Useat Keski -Amerikan maat, kuten Honduras ja Guatemala, ovat ottaneet käyttöön El Salvadorin kansallisen ruuan. Pupusa voi vaihdella muodoltaan tai sisällöltään eri alueilla, mutta käsite pysyy samana. Vuonna 2011 on tapana syödä tämä ruokalaji käsin, kastamalla se usein mausteiseen suolakurkkuun, nimeltään curtido ja tomaattipohjaiseen kastikkeeseen.