Joitakin eroja muffinssien ja kuppikakkujen välillä ovat tiheys, kuorrutus ja mitä ruokia paistetaan sisällä. Muffinssien ja kuppikakkujen tiheys vaihtelee, mutta muffinit ovat lähes aina tiheämpiä lisäjauhojen takia. Lisäksi cupcakeissa on yleensä kuorrutetta, kun taas muffineissa ei. Toinen ero näiden kahden välillä on se, että muffinit voivat sisältää elintarvikkeita, kuten vihanneksia ja jopa lihaa, mistä cupcakes yleensä puuttuu. Raja näiden kahden kohteen välillä voi kuitenkin olla epäselvä, varsinkin kun nykyaikaiset kokit eivät pelkää rikkoa tavanomaisia ruoanlaitto -sääntöjä.
Yksi merkittävä ero muffinssien ja kuppikakkujen välillä on, että muffinit määritellään leiviksi, kun taas cupcakes määritellään pieniksi kakkuiksi. Muffineissa on yleensä paljon enemmän jauhoja kuin kuppikakkuja, mikä tekee niistä tiheämpiä. Vaikka kaikki muut ainekset olisivat samat, muffinssin tiheys erottuu, vaikka ulkonäkö on samanlainen. Joskus cupcakes tehdään tiheämmäksi kuin tavallisesti, mutta ne eivät yleensä lähesty muffinssin tiheyttä. Lisäksi muffinit ovat yleensä vähintään hieman suurempia kuin cupcake, kun taas cupcake -koot ovat yleensä vakio- tai minikokoisia.
Toinen ero muffinssien ja kuppikakkujen välillä on, että cupcakes ovat tyypillisesti himmeitä. Kuorrutus on usein makeaa tai joskus suolaista, mutta onko sitä lähes aina cupcakessa. Toisaalta muffineissa ei yleensä ole kuorrutusta. Yleensä niitä syödään tavallisena tai voin, hedelmäsäilykkeiden tai muiden mausteiden kanssa. Kun muffinit ovat himmeitä, käytetään usein ravitsevampia ainesosia verrattuna jälkiruoka-suuntaisiin kuppikakkuihin tarkoitettuun kuorrutukseen.
Kuppikakkuissa ei yleensä ole muita lisäyksiä kuin satunnaisesti paistettuja karkkeja ja kakun päällä olevaa kuorrutetta. Muffinit puolestaan sisältävät usein hedelmiä, vihanneksia tai erilaisia muita runsaita ruokia. Toisin kuin cupcakes, muffinit on usein suunniteltu täytettäväksi eikä aterian lopussa tarjottavaksi jälkiruoka -kohteeksi. Yleensä cupcakes on suunniteltu jälkiruoaksi, kun taas muffinit voivat olla joko jälkiruokia tai tavallisia elintarvikkeita.
Joskus muffinssien ja kuppikakkujen raja on hieman hämärtynyt. Muffinsseja voi makeuttaa, ja joskus cupcakes ovat tavallista maukkaampia. Joskus muffinsseissa luodaan tavallista vähemmän jauhoja, ja cupcakes voi olla tavallista tiheämpää. Joillakin ihmisillä on vaikeuksia erottaa muffinit ja cupcakes toisistaan, kun molemmat ovat himmeitä.