Proteiinimuffinit eroavat muista muffineista vain siinä, että ne sisältävät suuria määriä proteiinia. Yleensä muffinit sisältävät enemmän hiilihydraatteja kuin mikään muu, mutta proteiini voittaa hiilihydraatit – ja joskus kuidut – proteiinimuffinissa. Maustetut heraproteiinijauheet tarjoavat yleensä ylimääräistä proteiinia ja osan mausta, joita näissä leivonnaisissa on, mutta se voi myös tulla väkevöidyistä juomista ja pähkinöistä. Urheilijat ja ne, jotka etsivät nopeaa, terveellistä aamiaista, kuluttavat usein proteiinimuffinsseja. Lisäravinteet voivat tarjota polttoainetta, jota tarvitaan pitkille harjoituksille tai pitää ihmiset täynnä lounasaikaan.
Proteiinijauheista, joita yleensä käytetään proteiinimuffinien lisäravinteiden antamiseen, on erittäin laaja valikoima makuja. Suklaa ja vanilja ovat yleensä suosituimpia, vaikka appelsiinia ja mansikkaa on saatavana myös joissakin ruokakaupoissa. Verkkokaupat, jotka myyvät ravintolisiä ja lihaksia rakentavia ruokia, myyvät usein suuremman valikoiman proteiinijauhemakuja kuin ruokakaupat. Ne, jotka ovat kiinnostuneita tekemään proteiinimuffineja monista eri makuista, saattavat haluta saada erilaisia jauheita tähän tarkoitukseen.
Useimmat muffinssireseptit voivat tulla proteiinipitoisiksi lisäämällä yksinkertaisesti kauha tai kaksi proteiinijauhetta. Reseptiin ei yleensä tarvitse tehdä muita muutoksia, koska ylimääräinen jauhe on suhteellisen kevyttä ja sekoittuu hyvin useimpien jauhojen kanssa. Jotkut reseptit saattavat vaatia hieman enemmän nestettä, jotta ne eivät kuivu ja murene.
Toinen tapa lisätä muffinsseihin proteiinia on käyttää proteiinipitoisia juomia. Rikastetut maidot, väkevöity appelsiinimehu ja proteiinipirtelöt lisäävät muffineihin paitsi ravinteita myös makua. Pähkinä- ja kauramaidot sisältävät usein enemmän proteiinia kuin tavallinen maitoa, vaikka jotkut kokit saattavat löytää lehmänmaidon, joka on rikastettu ylimääräisellä proteiinilla. Appelsiinimehuun on usein lisätty ravinteita ja se voi olla maukas lisä mansikoille, banaaneille ja muille hedelmämuffineille. Proteiinipirtelöt ovat usein makeita ja suklaamaisia, mikä tekee niistä maukkaita cappuccinossa tai suklaamuffineissa.
Pähkinät ja siemenet voivat myös antaa muffinsseille lisäpotkua proteiinia. Runsaasti lihaksia rakentavia ravintoaineita ja hyviä rasvoja, saksanpähkinät, pistaasipähkinät, makadamiapähkinät, maapähkinät ja mantelit ovat yleensä herkullisia proteiinimuffineissa. Ne, jotka eivät pidä tai ovat allergisia puupähkinöille, voivat korvata ne kurpitsalla, auringonkukalla tai unikonsiemenillä. Mikä tahansa näistä ainesosista voi lisätä rapeutta ja pähkinäisyyttä proteiinimuffineihin.
Viimeinen mahdollinen ainesosa proteiinimuffineissa on kaurapuuro. Tämä vilja sisältää tyypillisesti enemmän proteiinia kuin rikastettu valkoinen tai vehnäjauho, ja antaa leivonnaisille tiheän, pureskeltavan rakenteen, josta jotkut leipurit voivat nauttia. Pelkkä kauhan tai kahden jauhon korvaaminen kaurapuurolla lisää proteiinin lisäksi kuitua ja makua.