Parhaiden papujuustojen valinta voi riippua sen käyttötarkoituksesta enemmän kuin joistakin muista ainesosista. Kaksi päätyyppiä, kiinteä ja silkkinen, eivät välttämättä aina ole keskenään vaihdettavissa, koska silkkinen lajike on erittäin pehmeä eikä voi pitää muotoaan joissain tapauksissa. Eksoottisempia papujuuston lajikkeita voidaan käyttää eri makuun tai tekstuuriin, kuten paisutettua juustoa, paistettua juustoa tai fermentoitua juustoa. Juustoaineen valmistuksessa käytetty hyytymistyyppi voi toisinaan vaikuttaa ravitsemuksellisesti toisiinsa, joten juusto tarjoaa lisäravinteita. Myös tapa, jolla juusto tai tofu pakataan ja myydään, voi olla ratkaiseva tekijä päätettäessä, mikä papujuusto on paras.
Papujuusto voidaan luokitella silkkiseksi tai kiinteäksi, ja näissä kahdessa luokassa on pienempiä asteikkoja. Silkkinen juusto on erittäin pehmeää ja sisältää paljon kosteutta. Se on enemmän kuin paksu vanukas kuin kiinteä lohko, ja se voidaan helposti vatkata tai sisällyttää kastikkeeseen. Yleensä silkkisiä lajikkeita ei yleensä lisätä paistettuihin astioihin, koska ne voivat hajota pieniksi paloiksi, jotka voivat helposti kuivua tai kadota kokonaan.
Kiinteä papujuusto valmistetaan samalla tavalla kuin silkkinen, paitsi että sitä puristetaan osan kosteuden poistamiseksi. Kiinteämpää juustoa voidaan leikata paloiksi tai viipaleiksi ja käyttää astioissa kuten mitä tahansa muuta ainesosaa, koska se pitää muotonsa hyvin. Juusto voidaan paistaa, paistaa, syödä raakana tai käyttää patoissa, jolloin se saa sen kastikkeen luonteen. Saatavilla on erittäin kiinteitä lajikkeita, jotka ovat joskus yhtä kiinteitä kuin juusto ja kestävät erittäin karkeaa käsittelyä hajomatta .
Joitakin reseptejä voidaan parantaa käyttämällä harvinaisempia papujuustoja. Voimakas, terävä maku voidaan lisätä, jos käytetään fermentoitua juustoa, koska se vanhentuu etikassa ja monissa muissa ainesosissa. Paistettua juustoa voidaan käyttää lihan tai vihannesten korvikkeena, koska siinä on karamellisoitu pinta ja kiinteä rakenne. Valmiina ainesosina tai koristeena voi käyttää rapeuttamiseen juustoa, joka on paistettu paisuttuun asti.
Papujuuston valmistusprosessin aikana soijamaitoon lisätään erityinen ainesosa, joka tunnetaan hyytymisaineena, jolloin muodostuu juustoa. Jotkut näistä hyytymisaineista, erityisesti kalsiumsulfaatti, jättävät ylimääräisen kalsiumin juustoon. Tämä ylimääräinen kalsium voi tarjota pienen määrän ylimääräistä ravintoarvoa, jota muut hyytymisaineet eivät pysty tarjoamaan.
Myös tapa, jolla papujuusto pakataan ja myydään, voi vaikuttaa. Monet merkit ovat tiiviisti suljetuissa pakkauksissa tai jäädytettyjä ja yleensä turvallisia. Joissakin tapauksissa juusto näkyy kuitenkin kelluvana avoimessa astiassa, joka on täynnä vettä, ja asiakkaat poistavat juustoraastot tarpeen mukaan. Nämä astiat tarjoavat joskus optimaaliset olosuhteet bakteerien kasvulle juustossa; kuten muutkin elintarvikkeet, bakteerit kuitenkin yleensä tapetaan, jos juusto on kypsennetty perusteellisesti.