Orgaaninen vanilja viittaa tyypillisesti joko vaniljapavuihin, jotka on kasvatettu orgaanisilla menetelmillä, tai vaniljauutteella, joka on valmistettu käyttämällä näitä papuja ja säilyttäen muita orgaanisia ohjeita. Vaikka yritys voi mahdollisesti väittää, että vanilja on luonnonmukaisesti kasvatettu, useimmat yritykset ovat myöntäneet vaniljalleen luomuviranomaisen sertifikaatin. Eri maiden eri virastot käsittelevät tällaista sertifiointia. Yhdysvalloissa Food and Drug Administration (FDA) käsittelee sitä yleensä. Orgaanista vaniljaa on yleensä kasvatettava ilman muita kuin orgaanisia lannoitteita, ja torjunta-aineiden ja muiden kemikaalien käyttö on tyypillisesti kielletty tällaisen vaniljan viljelyssä ja jalostuksessa.
Kaikkien, jotka ovat kiinnostuneita ostamaan orgaanista vaniljaa, joko pavun tai uutteen muodossa, tulisi harkita sellaisen yrityksen sertifiointia, joka myy tällaista vaniljaa. Vaniljapapuja voidaan kasvattaa monissa eri maissa eri puolilla maailmaa; suuret yritykset, jotka jakelevat vaniljapapuja tai uutetta, saavat usein vaniljaa useilta pieniltä tiloilta. Tämä voi vaikeuttaa tällaisten tilojen viljely- ja jalostusmenetelmien valvontaa ja seurantaa monille yrityksille. Koska nämä tilat sijaitsevat myös eri maissa, jotkin valtion virastot, jotka valvovat luomuvaniljan sertifiointia, eivät välttämättä ole näissä maissa.
Tämä tarkoittaa sitä, että luonnonmukaisen vaniljan sertifioinnin viljelykäytäntöjen asianmukainen tarkastelu voi olla melko vaikeaa, ja siksi kaikkien, jotka haluavat ostaa tällaista vaniljaa, tulee olla varovainen. Useimmat yritykset antavat tietoja siitä, miten heidän myymänsä vanilja on sertifioitu, mukaan lukien sertifikaatin tyyppi ja sertifiointitoimiston nimi. Luonnonmukaisia elintarvikkeita sertifioivat valtion virastot, kuten FDA, tarjoavat usein tietoja tällaisista sertifiointimenettelyistä Internetin kautta tai ottamalla yhteyttä virastoon. Näin ihmiset voivat helpommin verrata erilaisia orgaanisia vaniljatyyppejä varmistaakseen, että heidän ostamansa vanilja täyttää heidän odotuksensa.
Orgaanista vaniljaa kasvatetaan tyypillisesti vain luomutuotteilla ilman kemikaaleja tai voimakkaita torjunta -aineita. Lannoitetta ei välttämättä käytetä lainkaan luomutuotteiden tuottamiseen, vaikka jotkut viljelijät voivat käyttää vain luonnollisia ja orgaanisia lannoitteita terveen maanhoidon varmistamiseksi ilman mahdollisesti haitallisia kemikaaleja. Torjunta -aineet ovat usein suuri kiistan lähde viljelijöiden ja kuluttajien välillä, ja useimmat luomuviljelijät eivät käytä torjunta -aineita tai käyttävät vain orgaanisia torjunta -aineita, jotka on helppo pestä pois ruoasta. Orgaaniset vaniljapavut kuivataan ja käsitellään ilman muita epäorgaanisia lisäaineita, ja orgaanisesti valmistettu vaniljauute käyttää uutteen valmistukseen vain orgaanista alkoholia.