Rasvattomien muffinsien reseptit korvaavat usein rasvattomia ainesosia korkeamman rasvapitoisuuden sijaan. Omenakastiketta, soseutettuja banaaneja ja rasvatonta maitoa käytetään usein kosteuden lisäämiseen rasvattomiin muffinsseihin pitäen rasva minimissä. Kurpitsia ja kesäkurpitsaa käytetään myös vähärasvaisissa muffineissa. Hedelmiä, kuten omenoita, ananasta ja mustikoita, on myös rasvattomissa muffinsseissa.
Monet leseiden muffinssityypit ovat myös vähärasvaisia. Rasvattomat mustikkalese-muffinit valmistetaan täysjyväjauhoista, kauraleseistä ja ruskeasta sokerista. Niissä on myös kirnupiimää, kanelia ja omenakastiketta. Rasvattomat leseet-muffinit valmistetaan leseistä, rasvattomasta maidosta ja ruskeasta sokerista. Niissä on myös kanelia, omenakastiketta ja vaniljaa. Rasvattomat kauralese-muffinit valmistetaan kauraleseistä, ruskeasta sokerista ja rusinoista.
Hedelmistä, mukaan lukien banaanit ja persikat, voidaan valmistaa erilaisia rasvattomia muffinsseja. Rasvattomat hedelmämuffinit valmistetaan täysjyväjauhoista, munanvalkuaisista ja persikoista. Niissä on myös rasvatonta maitoa, maissisiirappia ja kanelia. Rasvattomat banaanimuffinit valmistetaan murskatusta banaanista, maissisiirapista ja rasvattomasta maidosta.
Vihannekset, kuten kurpitsa ja kesäkurpitsa, ovat esillä joissakin rasvattomissa muffinsseissa. Rasvattomat kurpitsamuffinit valmistetaan kauraleseistä, ruskeasta sokerista ja kanelista. Reseptiin sisältyy myös purkitettu kurpitsa, jäädytetty ananasmehutiiviste ja haihdutettu rasvaton maito. Rasvattomat kesäkurpitsa-muffinit valmistetaan sokerista, omenakastikkeesta ja raastetusta kesäkurpitsasta. Ne on maustettu kanelilla, hienonnetulla taatelilla ja hienonnetulla pekaanipähkinällä.
Omenoista ja banaaneista voidaan valmistaa vähärasvaisia muffinsseja. Sokeriton omenalese-muffinssi on valmistettu leseestä, rasvattomasta maitomaidosta ja omenapiirakasta. Se on myös valmistettu soseutetuista banaaneista, ruskeasta sokerin korvikkeesta ja makeuttamattomasta omenakastikkeesta. Banaanivehnämuffinit valmistetaan täysjyväjauhoista, rasvattomasta kirnupiimästä ja munan korvikkeesta. Ne sisältävät myös raastettua sitruunankuorta ja soseutettuja banaaneja.
Omenakastiketta käytetään usein rasvattomien muffinsien resepteissä. Rasvattomat kaurapuuro-muffinit valmistetaan omenakastikkeesta, rasvattomasta maidosta ja munankorvikkeista. Ne on maustettu vaniljalla, täysjyväjauholla ja kaurahiutaleilla. Rasvattomat porkkana-ananasmuffinit valmistetaan omenakastikkeesta, sokerista ja kanelista. Ne on myös valmistettu raastetusta porkkanasta ja murskatusta ananasta.
Rasvattomia muffinsseja on saatavana myös makuyhdistelmissä, kuten sitruuna-unikko, karpalo-appelsiini ja porkkana-rusina-maku. Muita yksittäisiä makuja ovat suklaa, maissi ja cappuccino. Kanelia käytetään joissakin rasvattomissa muffineissa, mukaan lukien kanelipyörämuffinit, jotka on maustettu muskottipähkinällä, kanelilla ja pellavansiemenillä. Niissä on myös soijajogurttia, appelsiinimehua ja agave -nektaria.