Marjoja tarjoillaan usein aamiaiseksi ja brunssiksi, joten niiden lisääminen marjakahvikakkuun on luonnollista. Mustikat ovat usein suosikki kahvikakkujen maustamiseen, ja mansikoita käytetään myös yleisesti. Vahvemman maun ja juhlallisen punaisen värin saamiseksi karpaloita ja raparperia on esillä monissa marjakahvikakkuresepteissä. Karhunvatukoita, vadelmia ja marjahilloa käytetään myös marja -aromien lisäämiseen kahvikakkuihin.
Monissa marjakahvikakkuresepteissä on mustikoita, joita voidaan käyttää tuoreina, säilykkeinä tai jäädytettyinä. Tavallisen mustikkakahvikakun lisäksi muunnelmia ovat mustikka -valkosuklaakahvikakku, luonnonvaahtera -mustikkakahvikakku ja helppo sitruunamustikkakahvikakku. Kirnupiimää käytetään parantamaan vanhanaikaisen mustikka-kirnupiimäkahvikakun makua, kun taas viipaloidut mantelit ja manteliuute lisäävät pähkinäisen makua mustikan mantelikahvikakkuun. Mustikka -persikkakahvikakussa yhdistyvät mustikkamuffinsekoitus ja viipaloidut persikat.
Juhlavärin lisäksi karpalot voivat lisätä sekä hapokasta että makeaa makua marjakahvikakkuun. Karpalokakku voidaan valmistaa pakastetuista tai tuoreista karpaloista, jotka yhdistetään sokeriin monitoimikoneessa. Koko karpalokastikkeesta valmistetaan jogurtti-karpalokahvi, ja vaniljapavuilla karpalo-vaniljakakkua. Runsas kahvikakku, kuten pekaanipähkinäkarpalo, voidaan valmistaa lisäämällä päälle hienonnettuja pekaanipähkinöitä ja ruskeaa sokeria. Päärynä-karpalokahvikakku valmistetaan karpalo-appelsiinipikaleipäseoksesta, viipaloiduista päärynöistä ja kanelista.
Raparperi yhdistetään usein marjoihin, ja se on esillä monissa marjakahvikakkuresepteissä, kuten ”bluebarb” -kakkukakku, jossa yhdistyvät tuoreet ja jäädytetyt mustikat sekä tuoreet tai jäädytetyt raparperit. Mansikoiden makeus voi lisätä kesän suosion sekä värin marjakahvikakkuun. Mansikka -raparperikahvikakku on yhdistelmä makeita ja hapan makuja, ja se on valmistettu hienonnetuista, tuoreista raparperista ja jäädytetyistä, makeutetuista viipaloiduista mansikoista. Tuoreita, viipaloituja mansikoita voidaan käyttää mansikkakahvikakussa, kun taas mansikka-hapankermakakkukakku sisältää mansikkahilloa, joka on valmistettu maissitärkkelyksestä, viipaloiduista mansikoista ja sokerista.
Vadelmia, karhunvatukkaa ja hilloa käytetään joidenkin marjakahvikakkujen maustamiseen. Karhunvatukat tähdettävät karhunvatukkakahvikakkua, joka on jäädytetty marjamehulla ja makeissokerilla. Vadelmat ovat myös suosittuja vaihtoehtoja kahvikakkuun, ja pakastettuja vadelmia käytetään vadelmajuustokakkukakussa. Joissakin marjakahvikakkuissa on sekoitus useita marjoja tai marjoista valmistettua hilloa.