Viikunapuun juuret ovat yleensä hyvin invasiivisia, vaikka paljon riippuu puun lajikkeesta, istutuspaikasta ja maaperän laadusta. Useimmat viikunapuut, jos ne istutetaan optimaalisissa olosuhteissa, levittävät juuriaan kauas ja leveästi, mikä voi tehdä siitä huolestuttavaa, jos ne istutetaan maisemasuunnittelun keskelle. Nämä puut toimivat yleensä parhaiten pihan laitamilla tai runsaan avoimen tilan ympäröimänä. Puutarhurit voivat usein ryhtyä toimiin juurien tunkeutumisen minimoimiseksi istuttamalla puita ruukkuihin tai rakentamalla maanalaisia tukiseiniä juurien rakenteiden säilyttämiseksi.
Suuri osa viikunapuun invasiivisuudesta riippuu sen lajikkeesta. Kaikki viikunapuut ovat ficus-perheen jäseniä, joita leimaa matalat, nopeasti leviävät juuret. Silti pienemmät puut, kuten celeste- tai Malta -viikunapuut, pitävät yleensä juurijärjestelmänsä enemmän tai vähemmän suljettuina, ja suuremmilla puilla, kuten ruskealla kalkkunalla, magnolialla tai Floridan kuristimella viikunapuilla on enemmän taipumusta hallita tilaa. Nämä juuret usein tallaavat tai tukahduttavat muita kasveja, ja ne voivat vahingoittaa jalkakäytäviä, ajotietä ja muita polkuja.
Viikunapuun juuret ovat tyypillisesti puumaisia ja tiheitä, ja ne kasvavat yleensä lähellä pintaa, ellei sen yläpuolella. Ne pärjäävät parhaiten lämpimässä, jatkuvasti kuivassa ilmastossa, kuten alkuperäisessä Välimeren ja Lähi -idän elinympäristössä. Kylmempi sää ja ohuempi maaperä estävät usein juurien kasvua. Viikunapuu tuottaa hedelmiä melkein missä tahansa tilassa, mutta se ei ehkä kasva enimmäiskokoonsa – tai leviää juuria, joita se tarvitsee koon tukemiseksi – jos sen ympäristö on alle ihanteellisen.
Puutarhurit, jotka toivovat istuttavansa viikunapuita asuintiloihin, etsivät usein tapoja hillitä juurikasvua luonnollisesti ilman, että laitokselta poistetaan ravinteita. Useimmissa tapauksissa tämä edellyttää viikunapuun juurien rajoittamista pieneen tilaan ennen kasvin siirtämistä ulos. Viikunapuut, kuten useimmat ficus -kasvit, pärjäävät hyvin ruukkukasveina. Kasvun aloittaminen sisätiloissa voi auttaa juuria kasvamaan suljetulla tavalla, ja se estää ennenaikaisen leviämisen. Juuret laajenevat luonnollisesti, kun kasvi siirretään ulos, mutta yleensä ei niin dramaattisesti.
Toinen vaihtoehto on istuttaa nuoria viikunapuita valmiisiin tontteihin, joissa on sisäänrakennetut juurenrajoitukset, kuten maanalaiset tiiliseinät tai istutusvuoret. Nämä rajoitukset antavat juurien alkaa kasvaa luonnollisesti, mutta muodostavat esteitä hidastamaan niitä ja pitämään ne kurissa. Puut pystyvät yleensä kasvattamaan kaikki juuret, joita he tarvitsevat tuotannon tukemiseksi tällaisella rajoituksella, mutta juuret pidetään lähellä runkoa. Tämä pakottaa joskus myös kasvin kaivamaan alas sen sijaan, että se olisi paljon vähemmän invasiivinen.
Viikunapuiden säännöllinen karsiminen, varsinkin kun ne ovat nuoria, on toinen suosikki tapa hillitä juurien invasiivisuutta. Leikkaaminen toimii yleensä vain puutarhureille, jotka haluavat kuitenkin pieniä puita. Säännöllinen karsiminen on osa viikunapuiden hoitoa, koska se auttaa kasveja keskittymään energiaan hedelmien tuotantoon ja pitää oksat vahvana. Juurikasvun rajoittamiseksi puita on kuitenkin leikattava aggressiivisesti, mikä olennaisesti hidastaa niiden kasvua.
Invasiivisissa viikunapuun juurissa ei ole mitään erityistä vikaa, paitsi että ne voivat häiritä muita puutarha- ja maisemaelementtejä. Ihmiset, jotka ovat kiinnostuneita istuttamaan viikunapuita kiinteistöilleen, olisivat viisaita tutkia huolellisesti vaihtoehtoja ennen ostamista. Pienellä suunnittelulla voi säästää paljon vaivaa.