Vaikka monet lentonumerot saattavat näyttää satunnaisilta, hulluuden takana on varmasti menetelmä. Yksittäiset lentoyhtiöt luovat omat numeronsa sisäiseen menetelmään perustuen, mutta niiden on koordinoitava ponnistelunsa muiden lentoyhtiöiden kanssa välttääkseen sekaannuksia lennonjohtotorneissa. Esimerkiksi United Airlinesilla ja American Airlinesilla ei voi olla samanaikaisesti kahta saapuvaa lentokonetta, joilla on samanlaiset lennon numerot. Lentoyhtiöt ovat kansainvälisen ilmakuljetusliiton (IATA) alaisia, ja usein IATA: n tehtävänä on hyväksyä nämä nimitykset ennen kuin lentoyhtiö voi panna ne täytäntöön.
Monet lennon numerot annetaan itse lennon yleisen suunnan mukaan. Lentokoneille, jotka suuntaavat itään tai pohjoiseen, annetaan yleensä parilliset numerot, kun taas länteen tai etelään suuntautuville lentokoneille annetaan parittomat. Paluulennoille annetaan usein numero, joka on yksi numero korkeampi kuin lähtölento, joten matkustajat voivat helposti muistaa, minkä paluulennon he ottavat. Esimerkiksi kuvitteellisella Same OG Airlinesilla voi olla lento New Yorkista Las Vegasiin, joka lähtee keskipäivällä. Koska se lentää länteen, se voidaan nimetä lennolle 711. Same OG Airlinesin Las Vegasista takaisin New Yorkiin tulevaa lentoa kutsuttaisiin todennäköisesti lennolle 712. Molempien lennon numeroiden olisi oltava IATA: n hyväksymät, jos olla olemassa oleva United Airlinesin lento 712, joka saapuu myös New Yorkiin tuolloin.
Lentoyhtiöt antavat myös lennon numeroita sovittujen parametrien mukaan. Yksi suuri lentoyhtiö voi sopia rajoittavansa mahdolliset valintansa 1-499: een. Toisella lentoyhtiöllä, mahdollisesti pienemmällä lentoyhtiöllä, joka työskentelee suuren lentoyhtiön kanssa, voisi olla 500-749. Toisen suuren lentoyhtiön numerot voivat olla 750-1000 jne. Koodinjakoksi kutsutun käytännön avulla pienemmät alueelliset lentoyhtiöt, jotka työskentelevät yhdessä suurten lentoyhtiöiden kanssa, koordinoivat numeronsa välttääkseen sekaannuksia ja nimetäkseen lennon yhteisyritykseksi. Jotkut lentoyhtiöt nimeävät myös lentonumerot lentokoneen määränpään tai matkustajien tyypin mukaan. Esimerkiksi kotimaan lennoilla voi olla kaksinumeroisia numeroita, kun taas kansainvälisillä lennoilla voi olla kolme numeroa. Tämä käytäntö vaihtelee lentoyhtiöittäin, mutta ne ovat yleensä johdonmukaisia. Tilauslennoilla voi olla erityisiä numeroita, joiden avulla lentoyhtiön työntekijät voivat heti tunnistaa ne.
Lennon numeroiden määrittäminen ei kuitenkaan ole kaikki asia. Lentoyhtiöt voivat kohtuuden rajoissa nimetä lentokoneita, joilla on merkittäviä tai hassuja numeroita. Esimerkiksi lento San Franciscoon voi saada esimerkiksi 49 tai 1849 kunnianosoituksen kuuluisalle vuoden 1849 kultakuumeelle. Philadelphiaan palveleva lentoyhtiö voi valita 1776 tai 76, mikä kuvastaa kyseisen kaupungin historiallista roolia Yhdysvallat. Joillakin kasinokaupungeissa, kuten Las Vegasissa tai Renossa, Nevadassa sijaitsevilla lennoilla voi olla numeroita 7s ja 11s. Niin kauan kuin lentoyhtiö ei riko lentojen numeroita koskevia IATA -määräyksiä, se voi valita numeroita omista syistään. Näitä numeroita voidaan myös muuttaa, jos niistä tulee kiistanalaisia, kuten American Airlinesin lennon 11 tapauksessa, joka syöksyi World Trade Centeriin 11. syyskuuta 2001. Kun kaupalliset lento -oikeudet palautettiin, lentoyhtiö muutti lennon 11 lentoon 25.