Kun juoksija tekee päätöksen, että hän haluaa suorittaa 26.2 mailin (42.2 km) juoksun, jota kutsutaan maratoniksi, se on vain jäävuoren huippu. Seuraavaksi juoksijan on laadittava maratonin harjoitusaikataulunsa. Näin tehdessään hänen on päätettävä, harjoittaako hän aloittelevaa juoksijaa ja yrittää vain lopettaa kilpailun. välituotteena, yrittää parantaa aikaa; tai asiantuntijajuoksijana – yrittää saavuttaa ylevä aikatavoite tai jopa taloudellinen palkinto. Vaikka maratonin harjoitusohjelma on yleensä noin 18 viikkoa pitkä, suositellaan usein vähintään 20 viikon aloittamista varsinaisesta kilpailusta, koska loukkaantumisia sattuu ja ne voivat häiritä harjoittelua.
Aloittelijat tai ne, joilla ei ole aikaa treenata päivittäin, juoksevat tyypillisesti noin neljä päivää viikossa koko 18 viikon maratonharjoitusaikataulun mukaan. Viikoittain on myös päiviä ristikoulutukselle ja lepopäiviä. Aloittelevien maratonjuoksijoiden avain on lisätä kilometrejä maratonin harjoitusohjelmaan vähitellen ja pitää yksi pidempi lenkki viikossa. Ristikoulutustoimintaan voi kuulua uinti, pyöräily ja elliptinen kone.
Aloittelijoille maratonjuoksijoille esimerkki maratonharjoitteluaikataulusta voi näyttää tältä: ensimmäisen harjoitusviikon aikana juoksijoiden tulisi juosta 3 km kolmen ensimmäisen päivän ajan ja sitten 4.8 km. pitkä lenkki tällä viikolla. Kaksi päivää viikosta tulisi olla lepopäiviä ja yksi päivä viikosta tulisi käyttää ristikoulutukseen. Pitkäjänteisyys pidentyy vähitellen joka viikko. Noin viikolla 6 pitkän aikavälin huippu saavuttaa 9.7 km. Maratonharjoitteluaikataulun viimeisten viikkojen aikana juoksija juoksee vähemmän kilometrejä säästääkseen ponnistelunsa itse kilpailuun ja estääkseen ylikuntoilua.
Keskitason juoksija käyttää hieman erilaista muotoa maratonharjoitteluaikataulussaan. Hieman vaikeampi ja aikaa vievä keskitason aikataulu alkaa ensimmäisellä viikolla 3 km: n juoksulenkillä, 4.8 km: n juoksulenkillä, 5 km: n juoksulenkillä ja 8 km: n juoksulenkillä ) vauhtijuoksu ja sitten 3 mailin pituinen juoksu. Yhdennentoista viikolla juoksija juoksee 4.8 km: n pituisen juoksunsa, joten hän saa tehdä sen uudelleen 5. ja 8. viikon aikana. Lisäksi lyhyemmät lenkit viikolla ovat yleensä pidempiä kuin aloittelijan aikataulussa. Keskitason juoksijat risteilevät edelleen uimalla tai muulla toiminnalla yhden päivän viikossa; mutta lepopäivät on rajoitettu yhteen kertaan viikossa.
Asiantunteva maratonharjoitteluohjelma, kilometrit ovat pidempiä ja enemmän huomiota kiinnitetään juoksijan ajan parantamiseen. Mukana ovat myös nopeustyöt, joihin kuuluu mäkitoistoja, tempoajoja ja intervalliharjoituksia; Kuitenkin niille, jotka ovat aloittaneet nopean työn – maraton ei ole sopiva aika oppia mukana olevia taitoja. Yksi päivä viikosta tulisi silti varata kehon lepäämiseen; ristikoulutusta ei kuitenkaan enää sisälly.
Noudattamalla juoksijan taitotasoon sopivaa maratonin harjoitusohjelmaa on mahdollista suorittaa se. On tärkeää, että lääkäri tarkistaa sinut ennen tällaiseen rasittavaan päivittäiseen harjoitteluun osallistumista.