Vastaus kysymykseen siitä, kuinka monta elementtiä jaksollisessa taulukossa esiintyy luonnossa, on itse asiassa hieman monimutkainen. Perinteinen viisaus sanoo, että ensimmäiset 92 alkuaineita alkuaineesta 1, vedystä alkuaineeseen 92, uraaniin, ovat kaikki luonnossa esiintyviä, mutta itse asiassa jotkut näistä alkuaineista ovat erittäin epävakaita ja niitä on havaittu vasta, kun ne on luotu keinotekoisesti. Jotkut uskovat, että alkuaineet 93 (neptunium) ja 94 (plutonium) olisi myös sisällytettävä luonnossa esiintyvien alkuaineiden luetteloon. Tämän seurauksena 94–88 elementtiä esiintyy ”luonnossa” käytetyn määritelmän mukaan.
Elementtejä pidetään “luonnossa esiintyvinä”, kun niitä löytyy luonnosta, eikä niitä tarvitse luoda laboratoriossa, ja monet elementtien jaksollisen järjestelmän esitykset sisältävät rajalinjan luonnollisten ja keinotekoisesti valmistettujen elementtien välillä. Joillakin luonnossa esiintyvillä elementeillä on erittäin epävakaat isotoopit tai lyhyet puoliintumisajat, joten niitä esiintyy vain satunnaisesti ja hyvin pieninä määrinä maapallolla. Jotkut uskovat, että kun ajatellaan jaksottaista taulukkoa, tällaisia elementtejä ei todellakaan pitäisi pitää “luonnossa esiintyvinä”, varsinkin kun niitä havaitaan vain ihmisen toiminnan välittömänä seurauksena. Toiset väittävät, että vaikka vain pieniä määriä voidaan havaita milloin tahansa, ne ovat “luonnollisia”, koska ne voivat tapahtua spontaanisti.
Kyseenalaisia elementtejä ovat elementti 43, teknetium; elementti 61, promethium; elementti 85, astiini; ja alkuaine 87, francium. Elementit 43 ja 61 ovat hieman epätavallisia, koska niitä ympäröivät vakaat elementit, mutta niitä on havaittu vain kontrolloiduissa laboratorio -olosuhteissa. Elementit 85 ja 87 esiintyvät luonnossa, mutta vain lyhyesti ja hyvin harvoin, mikä vaikeuttaa näiden ujojen elementtien todellisen luonnollisen ulkonäön määrittämistä.
Jos kaikki neljä kyseenalaista elementtiä poistetaan “luonnossa esiintyvien” elementtien luettelosta, luonnossa esiintyviä alkuaineita on joko 90 tai 88 riippuen siitä, onko neptunium ja plutonium sisällytetty luetteloon. Jotkut ihmiset sisältävät myös astiinia ja franciumia, mikä nostaa kokonaismäärän 92: een tai 90: een. Yleisimmin mainittu luku on ”92”, jota voidaan pitää jaksollisen taulukon ensimmäisinä 92 merkinnänä tai ensimmäisinä 94 miinusosana 43 ja 61, riippuen siitä, kuinka monimutkaisia ihmiset kokevat olevansa.
Ihmisten on tärkeää muistaa, että kun tarkastellaan elementtien jaksottaista taulukkoa, “luonnossa esiintyvä” ei välttämättä tarkoita “runsasta”. Monet luonnossa esiintyvät elementit ovat itse asiassa melko harvinaisia, vaikka jotkut olivat kerran runsaampia. Elementtien tasot muuttuvat myös riippuen siitä, missä henkilö on; Esimerkiksi helium on harvinaista maan päällä, mutta runsaasti Auringon ympärillä.