San Franciscon lahdelle on hajallaan 18 saarta, mukaan lukien asumattomat kivet, suojellut villieläinten turvapaikat ja kehittyneet saaret, joilla on suuri populaatio. Jotkut San Franciscon lahden saarista ovat varsin kuuluisia, kuten Alcatrazin tapauksessa. Moniin pääsee vain yksityisillä vesikulkuneuvoilla, kuten purjeveneillä, ja jokaisella on ainutlaatuisia ominaisuuksia, jotka tekevät vierailun arvoiseksi, jos pääset sinne.
Monet saarista on varattu puistoiksi ja turvakoteiksi. Angel Island on osavaltion puisto, josta pääsee lautalla useista paikoista lahden ympärillä, ja Alcatraz on kansallispuisto. Näiden saarten vierailijat ovat tervetulleita ympäri vuoden, vaikka kesäaika on vierailun huippukausi. Siellä on myös useita villieläinten turvakoteja, mukaan lukien Itä- ja Länsi -Marinsaaret, Brooks Island ja Bair Island. Brooks Island on osa East Bayn alueellisten puistojen aluetta, ja se isännöi muuttolintuja, kosteikkoja ja kävelyreittejä. Bairin saari on laaja villieläinten turvapaikka Etelälahdella, ja se on tärkeä osa Bayn alueen ekologiaa.
San Franciscon lahdella on myös useita saaria, jotka ovat hieman enemmän kuin loistavat kiviset paljastumat. Näitä ovat Red Rock Island, Richmondin sillan länsipuolella, sekä itä- ja länsisiskot, Ballena Bay Island Alamedan vieressä ja Pat Rock. Red Rock Island on myös ainoa yksityisomistuksessa oleva saari San Franciscon lahdella, vaikka se, että se sijaitsee teknisesti kolmessa maakunnassa, tekee mahdollisesta kehityksestä haastavan.
Lahdella on myös asuttuja saaria. Yksi rannikkovartiosaari on varattu vain sotilaskäyttöön. Muut asutut saaret ovat avoinna yleisölle. Yerba Buenan saari sijaitsee keskellä San Franciscon lahden siltaa, ja siellä asuu siviiliväestö sekä pieni rannikkovartiosto. Treasure Island, keinotekoinen saari, joka on kiinnitetty Yerba Buenaan pengertien varrella, on entinen laivastotukikohta, jonka pohjoispäässä on siviiliasuntoja. Alameda, saari suoraan Oaklandin rannikolta, on saavutettavissa useiden väylien kautta, ja sillä on laaja kokoelma esimerkkejä viktoriaanisesta ja kuningatar Anne -arkkitehtuurista.
Nämä saaret, kuten voidaan nähdä, ovat melko erilaisia. Monet lahden alueen asukkaat kykenevät nimeämään vain kourallisen 18 saaresta, joten valmistaudu vaikuttamaan ihmisiin paikallisella tietämykselläsi. San Franciscon lahden saarten monipuoliset asunnot ja luonnonsuojelualueet tarjoavat myös mielenkiintoisen poikkileikkauksen lahden alueen elämästä, sekä ihmisistä että eläimistä.