Kun hämähäkki punkit ovat läsnä, luonnolliset mekanismit ovat yleensä tehokkaimpia tartunnan torjunnassa. Näitä ovat vaurioituneiden kasvien eristäminen tai puutarhaympäristön pitäminen olosuhteissa, jotka ovat hämähäkkipunkkien vastaisia. Biologisten saalistajien käyttö on myös toteuttamiskelpoinen vaihtoehto, kuten Phytoseiulus persimilis, Phytoseiulus longpipes ja Metaseiulus occidentalis. Kemiallisia torjuntatoimenpiteitä on saatavilla ja ne ovat toimineet joillekin, mutta niillä on yleensä ristiriitaisia tuloksia, koska monet hämähäkkipunkit ovat helposti muodostaneet immuniteetin monille markkinoilla oleville torjunta -aineille.
Hämähäkkipunkit, erityisesti kaksitahkoiset hämähäkkipunkit, ovat yleensä erittäin pieniä ja näkymättömiä paljaalle silmälle. Useimpien puutarhureiden on tarkastettava kasvit henkilökohtaisesti suurennuslasin alla varmistaakseen punkkien olemassaolon ennen tuholaistorjuntataktiikoiden kokeilua. Tyypillisiä tartunnan merkkejä ovat kuivuneet tai käpristyvät lehdet ja pienet, ruskehtavat pisteet koko kasvissa. Nämä muodostuvat, kun punkit imevät mehut pois kasveista, jolloin ne kuivuvat ja jättävät pieniä, keltaisia tai ruskeita pisteitä niihin, joihin ne ovat lävistäneet. Valkoinen nauha lehtien alapuolella on toinen merkki tartunnasta ja se on sivutuote silkkilangoista, joita hämähäkkipunkit käyttävät liikkuakseen kasvin ympärillä.
Saastuneiden kasvien eristäminen on ensimmäinen toimenpide, jonka puutarhurin tulee tehdä. Hämähäkkipunkit ovat yleensä erittäin taitavia kuljetuksessa ja käyttävät silkkilankoja ja ilmavirtoja siirtyäkseen kasvista toiseen. Tartunnan saaneiden kasvien pitäminen karanteenissa ei ainoastaan hillitse niiden muuttoa, vaan vähentää ilmankiertoa kasvien välillä. Tämä vähentää ilmankosteutta ja auttaa hallitsemaan punkkipopulaatiota, koska se pyrkii menestymään kuivemmassa ilmastossa.
Muita toimenpiteitä olisi myös toteutettava kosteuden pitämiseksi korkeana vaurioituneiden kasvien ympärillä. Kostuttimet ja säännöllinen sumutus ovat tehokkaita menetelmiä. Kasvien pitäminen veden yläpuolella tai sammalta kasvien välissä voi myös olla tehokasta.
Kylmä vesi on yleensä hämähäkkipunkkeja vastaan. Vaurioituneiden kasvien roiskuminen erittäin kylmällä vesivirralla päivittäin ei pelkästään estä heitä asuttamasta kyseistä aluetta, vaan voi myös hukuttaa monet, ellei useimmat niistä. Vettä tulisi suihkuttaa koko laitokseen, etenkin lehtien alapuolelle, ja ruiskutettavat kasvit on erotettava muista, jotta punkit eivät pääse muuttamaan niille turvapaikaksi.
Vaurioituneet kasvit on myös pidettävä varjossa ja poissa auringosta tai kuivasta säästä, jos mahdollista. Punkit kukoistavat paremmin kuivalla ilmastolla haihduttamalla, joten jatkuvan varjon ja kosteuden ylläpitäminen estää saastumista. Se auttaa myös kasveja itseään, jotka todennäköisesti heikentyvät menettäessään monia mehujaan.
Jotkut puutarhurit vannovat luonnollisia saalistajia tehokkaana keinona torjua hämähäkkipunkkeja. Metaseiulus occidentalis on yksi laji, joka on saavuttanut suosiota saalistajapunkina näihin tarkoituksiin. Ne viihtyvät lämpötiloissa, jotka ovat välillä 45-90 astetta Fahrenheit (7.2-32.2 celsiusastetta).
Phytoseiulus persimilis tunnetaan aggressiivisena ja nopeavaikutteisena. Ne menestyvät lämpötiloissa 70-90 astetta Fahrenheit (21-32.2 celsiusastetta) ja voivat myös olla kannibalistisia. Tämä johtaa usein siihen, että nämä saalistavat punkit tuhoavat itsensä sen jälkeen, kun ne ovat tuhonneet puutarhurinsa tartunnan.
Phytoseiulus longpipes kuuluvat samaan sukuun kuin Phytoseiulus persimilis, jotka ovat peräisin Afrikasta. Ne voivat hyvin hyvin erittäin lämpimissä lämpötiloissa, ja heidän kerrotaan pystyvän hallitsemaan alhaisen tartunnan useiden viikkojen aikana. Elintarvikkeidensa loppumisen jälkeen Phytoseiulus longpipes kuolee.
Hyönteismyrkkyjen käyttö hämähäkkipunkkien tartunnan torjumiseksi voi myös olla epäluotettavaa, koska punkit ovat muodostaneet monia immuniteetteja erilaisille mitisidimerkkeille. Jotkut kasvien anti-transpirantit voivat olla epäsuorasti tehokkaita torjumaan tartuntoja auttamalla kasveja säilyttämään kosteuden. Tämä johtaa lopulta punkkien kuolemaan vahingoittamatta kasveja itseään.
Monet puutarhurit vannovat myös yksinkertaista alkoholiliuosta punkkien tappamiseksi. Jotkut käyttävät alkoholin ja veden suhdetta 1: 1, kun taas toiset käyttävät 1: 3, joskus lisäämällä muutaman tipan astianpesuainetta. Alkoholiliuos on ruiskutettava perusteellisesti koko kasville, erityisesti lehtien alapuolelle. Se on tehokkainta levittää varhain aamulla tai myöhään päivällä, koska haihtumisnopeus on alhaisempi. Levitys voidaan toistaa niin usein kuin 15-20 minuutin välein.