Hedelmäkärpästen hallitsemiseksi keittiössä on useita tekniikoita, mukaan lukien menetelmät tartuntojen ehkäisemiseksi ja niiden nopea lopettamiseksi. On tärkeää tunnistaa kärpäset tarkasti ennen hävittämiskampanjan aloittamista, koska hedelmäkärpäsille tehokkaat tekniikat eivät välttämättä toimi muiden lajien kanssa. Hedelmäkärpäset ovat pieniä ja yleensä houkuttelevat hedelmiä ja makeita asioita, jotka jätetään tiskille. Ne ovat myös yleisempiä syksyllä.
Hedelmäkärpästartunnan estämiseksi on tärkeää poistaa ruoan ja veden lähteet. Vuotoja ja muita mahdollisia kosteusreittejä on käsiteltävä. Tämä vähentää myös muurahaisia ja muita ei -toivottuja vierailijoita. Jos tuoreita hedelmiä on jätettävä pois eikä niitä voida sulkea säiliöihin, ne on pidettävä suojatussa säiliössä kärpästen poissa pitämiseksi. Kaikkien avoimien ikkunoiden suojaamista suositellaan myös hedelmäkärpästen ja muiden hyönteisten poistamiseksi talosta. Myös keittiön pitäminen huolellisesti puhtaana ja kaiken kierrätyksen, erityisesti soodatölkkien ja pullojen, huuhtelu huolellisesti auttaa. Tämä eliminoi mahdolliset nähtävyydet ja tekee keittiöstä vähemmän kiinnostavan hedelmäkärpäsille.
Ihmisille, jotka kehittävät ongelmia hedelmäkärpästen kanssa keittiössä, kärpäspaperi voi auttaa loukuttamaan kärpäset poistettavaksi. Myös ansoista on apua; hyvin yksinkertainen ansa voidaan tehdä kaatamalla muutama unssia etikkaa tai laittamalla pieni pala hedelmää purkkiin ja asettamalla sen yläpuolelle paperinen suppilo, pieni aukko alaspäin. Perhot voivat päästä suppiloon, mutta niiden on vaikea paeta. Kun ansa on täynnä, hedelmäkärpäset voidaan viedä ulos.
Hyönteismyrkky on myös vaihtoehto, mutta sitä on käytettävä varoen. Kemialliset suihkeet voivat olla vaarallisia lapsille ja lemmikeille. Syötetyt kärpäsloukut on pidettävä poissa ruoasta ja lasten ja eläinten ulottumattomissa turvallisuuden vuoksi, ja ne on myös tyhjennettävä viipymättä kuolleiden kärpästen kerääntymisen välttämiseksi.
Viemärit on joskus kohdennettu keittiön hedelmäkärpästen lähteeksi tai houkuttelemiseksi. Jotkut vikoja lisääntyvät viemäreissä, mutta yleisimmin viemäriin jääneet orgaaniset materiaalit kärpäset, ja ihmiset ajattelevat, että kärpäset tulevat viemäreistä, koska he näkevät niiden leijuvan aukkojen ympärillä. Viemäriin voidaan kaataa entsymaattinen puhdistusaine paakunneen ruoan liuottamiseksi ja huuhtelun mahdollistamiseksi. Ruokasoodan ja etikan kaataminen viemäriin ja sen jälkeen huuhtelu kiehuvalla vedellä voi myös olla tehokasta.