Toimitusketju viittaa materiaalin siirtämiseen sen raakatilasta lopulliselle asiakkaalle. Yleisimpiä toimitusketjun ongelmia ovat historiallisten suuntausten käyttäminen, vanhentuneiden tietojen käyttäminen päätösten tekemiseen, toimittajien kyvyttömyyden ymmärtäminen ja viestinnän puute. Toimitusketjun hallinnan monimutkaisuuden vuoksi monet ammattilaiset epäonnistuvat, koska he eivät käytä tehokkaita toimitusketjun periaatteita.
Yleisimmät toimitusketjun ongelmat johtuvat tyypillisesti historiallisten suuntausten käytöstä. Esimerkiksi 2000 -luvun lopun laajat taantumat osoittivat selvästi, että edes General Motorsin kaltaisten pitkäaikaisten organisaatioiden ei pitäisi luottaa menneeseen kehitykseen ennakoidakseen tulevaa myyntiä. Parempi vaihtoehto on seurata todellista myyntiä sellaisena, kun se tapahtuu, jotta toimitusketjuverkosto voi reagoida nopeasti kuluttajien käyttäytymisen muutoksiin. Tämä on erityisen hyödyllistä vähittäiskaupan toimitusketjussa, jossa myytävä tuote on jonkin verran yleinen ja sitä voi ostaa monilta eri vähittäiskauppiailta, koska kysyntä voi olla pilaantuvaa.
Päätösten tekeminen vanhentuneiden tietojen avulla on toinen tavallisimmista toimitusketjun ongelmista toimitusketjun toiminnoissa. Reaaliaikaisten varastotasojen, taloudellisten luokitusten ja kassavirran ymmärtäminen on välttämätöntä toimitusketjun järkevien päätösten tekemiseksi. Kaikkien näiden luokkien toimitusketjun mittareiden säilyttäminen estää yrityksiä tekemästä merkittäviä virheitä kumppaninaan sekä toimittajina että asiakkaina. Jos yritys ei käytä merkittävää toiminnanohjausjärjestelmää (ERP), toimitusketjun johtaja voi silti saada suuren osan näistä tiedoista tarkistamalla taloudelliset tiedot, kuten asiakkaiden ja toimittajien luottoluokitukset, maksamattomat saamiset ja maksamattomat velat (AP).
Toimittajan kykyjen ymmärtäminen on yksi toimitusketjun ongelmista, jota on vaikein hallita. Se, ettei tiedä, mitä toimittaja voi tehdä, rajoittaa vakavasti yrityksen kykyä reagoida nopeasti kysynnän muutoksiin. Tehokkaat toimitusketjun johtajat tarkistavat säännöllisesti toimitusaikoja, vakiokapasiteettia, ylösajo- tai purskekapasiteettia sekä prototyyppi- ja nopeakierto -ominaisuuksia toimittajiensa kanssa määrittääkseen, riittävätkö toimittajan valmiudet yrityksen tarpeisiin. Tietäen, pystyykö tietty toimittaja tukemaan kysynnän nousua hyvin lyhyessä ajassa, toimitusketjun johtaja pystyy ennustamaan paremmin, milloin tuotteet voidaan toimittaa loppukäyttäjälle.
Viestinnän puute on myös yksi yleisimmistä toimitusketjun ongelmista. Toimittajat ja asiakkaat vaativat jatkuvaa seurantaa ja ainakin jonkin verran yhteistyötä, jotta tarjonta täyttää kysynnän. Vaikka nykyään erittäin automatisoidun tiedonkulun ympäristössä on yleensä lähes liikaa tietoa, menestyvät toimitusketjun johtajat ovat oppineet, että mikään ei korvaa kasvokkaista viestintää. Kehittämällä henkilökohtaisia suhteita sekä toimittajiin että asiakkaisiin koko toimitusketjun prosessista tulee ryhmätoiminta. Kun asiat eivät suju niin suunnitellusti, on paljon helpompaa keskustella parannuksen mahdollisuuksista, jos suhde on jo olemassa.