Kustannus -hyötyanalyysi, johon joskus viitataan lyhenteellä CBA, alkaa tutkimuskysymyksen asianmukaisella muotoilulla. Tämä edellyttää tietyn mahdollisen sijoituspäätöksen kaikkien mahdollisten myönteisten vaikutusten määrittämistä ja niiden muuttamista rahaarvoiksi. Samaa prosessia noudatetaan sitten kaikkiin kyseiseen hankkeeseen liittyviin kustannuksiin. Kun molemmat arvot on laskettu, niitä voidaan yksinkertaisesti verrata. Hankkeet, joiden hyödyt ylittävät kustannukset, olisi toteutettava, kun taas hankkeet, joiden kustannukset ylittävät hyödyt, olisi suunniteltava uudelleen tai peruutettava.
Tämäntyyppinen analyysi sopii ihanteellisesti tietyntyyppisiin ongelmiin. Kaikki projektit, jotka voidaan helposti kehystää valuutta -arvon avulla, ovat hyviä valintoja tällaiseen analyysiin. Hankkeita, joiden kustannuksia tai hyötyjä on vaikea muuntaa tällaiseen arviointiin, on vaikea analysoida tyydyttävästi kustannus -hyötyanalyysillä. Kustannus -hyötyanalyysi edellyttää hankkeita, jotka ovat rajallisia sekä ajassa että tilassa, tai kustannusten ja hyötyjen laskeminen on mahdotonta. Näiden rajojen huolellinen valinta on välttämätöntä, jos halutaan saada hyödyllisiä tuloksia.
Yksi tekijä, joka voi vaikuttaa tähän päätökseen, on ympäristövaikutukset, joita on tunnetusti vaikea määrittää kohtuulliseen ja laajalti hyväksyttyyn kustannusarvoon, koska kustannukset ovat pitkäaikaisia ja laajalti jakautuneita. Toinen on ihmishengen hinta, joka voidaan laskea, mutta ei aina tavalla, joka ei ole kiistanalainen. Vakiomenetelmä ihmiselämän arvon määrittämiseksi kustannus- ja hyötyanalyysiä varten perustuu ihmisten tekemiin valintoihin, kun he hinnoittelevat kuoleman tai vamman riskiä taloudellista hyötyä vastaan.
Kustannus -hyötyanalyysin kustannusten laskeminen edellyttää yksinkertaisesti kaikkien hankkeen toteuttamiseen tarvittavien menojen rahallisen arvon määrittämistä. Konkreettiset investoinnit pääomaan ja työhön on helppo arvostaa. Muut, vähemmän ilmeiset kustannukset on myös arvostettava ja joskus painotettava niiden syntymisen todennäköisyydellä. Lentoaseman rakentaminen saattaa aiheuttaa pieniä mutta vakavia mahdollisia kustannuksia lento -onnettomuusriskin muodossa, ja tämä on laskettava.
Mahdollisten hyötyjen arviointi tapahtuu samalla tavalla kuin mahdolliset kustannukset. Sekä fyysisiä että aineettomia etuja voidaan harkita. Kustannus -hyötyanalyysiä hyödyntävät yritykset käyttävät tyypillisesti markkinahinnoittelumalleja kunkin hyötyyksikön suhteellisen arvon määrittämiseen, mikä yleensä pienenee yksiköstä toiseen, kun kuluttajat ovat vähemmän kiinnostuneita hankkimaan enemmän tiettyä tuotetta.
Kustannuksia ja hyötyjä laskettaessa myös aika on otettava huomioon päätöksentekoprosessissa. Rahat, jotka on käytettävä tulevaisuudessa, ovat vähemmän arvokkaita kuin rahat, jotka on käytettävä välittömästi, koska niiden voidaan odottaa ansaitsevan korkoa väliaikaisesti. Tämä tekee tulevista menoista halvempia nykyrahassa, ja mitä pidempi aika ennen investointia on tehtävä, sitä suurempi on tehokas alennus. Tämän tekniikan onnistumisen kannalta on ratkaisevan tärkeää laskea korko huolellisesti ja varovasti tulevien kustannusten vähentämiseksi.