Siprofloksasiini on antibiootti ja tappaa vain tietyntyyppisiä bakteereja. Sukupuolitaudit (STD) voivat johtua useista infektioista, joista bakteerit muodostavat vain osan. Bakteeri -infektioista, joita lääketieteen ammattilaiset ovat aiemmin käyttäneet siprofloksasiinilla, jotkut ovat tulleet vastustuskykyisiksi lääkkeelle, joten muut antibiootit voivat olla tarpeen. Vuodesta 2011 lähtien huumeiden katsotaan hoitavan chancroidia ja ensisijaisesti trooppista sukupuolitautitautia.
Kun sukupuolitauti on viruksen aiheuttama, siprofloksasiini ei ole tehokas. Virusten aiheuttamia sukupuolitauteja ovat sukupuolielinten herpes, ihmisen immuunikatovirus (HIV) ja sukupuolielinten syyliä. Virukset eivät yleensä reagoi antibiooteihin.
Jokaisella antibiootilla on myös erityiset toimintatavat, joten se ei voi kohdistaa kaikkia bakteerilajeja. Esimerkiksi klamydian aiheuttaa Chlamydia trachomatis -bakteeri, jota siprofloksasiini ei voi kohdistaa. Siprofloksasiini on myös tehoton lymfogranuloma vereneumia vastaan, jonka aiheuttaa myös C. trachomatis.
Muita bakteerisairauksia, joita siprofloksasiini ei voi hoitaa, ovat kuppa, jossa bakteeri Treponema pallidum aiheuttaa sairauden. Bakteerivaginoosi on toinen sairaus, jonka sukupuolitauti voi tuottaa tai ei. Tämä tila ei myöskään yleensä reagoi hoitoon, joka sisältää siprofloksasiinia. Trikomoniaasi ei myöskään selviä siprofloksasiinilla, mutta tässä tapauksessa se johtuu siitä, että aiheuttaja on alkueläinloinen eikä bakteeri.
Bakteerit voivat kehittyä ajan myötä ja kehittää resistenssimekanismeja antibiootille, eikä siprofloksasiini ole poikkeus. Centers for Disease Control (CDC) Yhdysvalloissa antoi lausunnon vuonna 1998, jossa todettiin, että siprofloksasiini oli yksi tehokkaista hoitomuodoista, mutta vuoteen 2010 mennessä gonorreaa aiheuttava bakteeri oli niin vastustuskykyinen tälle lääkkeelle, että CDC suositteli muiden lääkkeiden käyttöä. lääkkeet, kuten keftriaksoni.
CDC: n vuoden 2010 suositusten mukaan sukupuolitautien hoitovaihtoehdoista siprofloksasiini soveltuu vain chancroidin ja pääasiassa trooppisissa maissa esiintyvän sairauden, nimeltään granuloma inguinale, hoitoon. Tämän taudin aiheuttava bakteeri on Klebsiella granulomatis. Vaikka siprofloksasiini voi vuodesta 2011 lähtien hoitaa näitä sairauksia, joskus esiintyy ongelmia.
Chancroidilla on joitain kantoja, jotka ovat resistenttejä lääkkeelle. Näillä erityistapauksilla muut lääkkeet, kuten atsitromysiini, voivat pystyä hoitamaan infektion onnistuneesti. Granuloma inguinalella on myös taipumus uusiutua, vaikka ensimmäiset antibioottihoidot vaikuttavat onnistuneilta. Toinen haittapuoli siprofloksasiinin käytöllä sukupuolitauteihin on, että se ei ole turvallinen raskaana oleville ja imettäville naisille.